结论：员工申请工伤时，公司确实有法律义务进行配合。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病时，所在单位需在规定时间内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是公司的法定义务，必须履行。

2. 公司具体责任与义务：

   • 按时提交申请：公司应在员工发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。若因特殊情况无法按时提交，需经社会保险行政部门同意并适当延长申请时限。
   • 提供必要材料：公司需准备并提供能够证明劳动关系和事故经过的相关材料，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录、事故现场照片或视频、证人证言以及医疗机构出具的受伤后诊断证明书或职业病诊断证明书等。
   • 如实陈述事实：公司有义务如实陈述员工受伤的事实经过，不得隐瞒、歪曲事实或提供虚假信息，否则可能面临法律责任。
   • 配合调查询问：对于社会保险行政部门或工伤认定机构的调查询问，公司应积极配合，安排相关人员接受询问，并提供准确、详尽的信息。

3. 不配合的法律后果：

   • 若公司未依法为员工缴纳工伤保险费，且未在规定时限内提交工伤认定申请，那么在此期间发生的工伤待遇等相关费用将由公司承担。这包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残津贴等，对公司而言是一笔不小的经济负担。
   • 此外，公司若隐瞒、歪曲事实或提供虚假信息，还可能面临行政处罚或法律责任，影响公司的声誉和正常经营。

4. 积极配合的重要性：

   • 通过积极配合员工做工伤认定，公司不仅能够帮助员工及时获得应有的工伤赔偿和医疗救治，减少因工伤引发的纠纷和矛盾；同时，也能展现公司的社会责任感和良好形象，有助于维护公司的声誉和正常的生产经营秩序。

建议：

• 公司应充分认识到在员工工伤认定过程中的法律责任和义务，确保按时提交申请、提供必要材料、如实陈述事实并配合调查询问。
• 若公司对工伤认定流程或相关法律法规不熟悉，建议及时咨询专业律师或相关机构，以确保员工的合法权益得到保障，同时也维护了公司的自身利益和长远发展。

如有任何关于劳动工伤领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。