结论前置：疫情期间公司是否可以因员工不能上班而扣年假，需根据具体情况判断，关键在于是否经过员工同意、是否符合当地政策规定以及是否保障了员工的工资待遇。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的扣年假情况
协商一致：
- 如果公司与员工进行了充分沟通，并达成一致意见，即员工同意将因疫情无法上班的时间用年假来冲抵，那么这种扣除年假的行为是合法的。这体现了法律中的意思自治原则，只要双方协商达成共识，便符合法律规定。
- 例子：公司明确向员工提出因疫情导致工作停滞，希望员工使用年假覆盖这段时间，员工明确表示同意后，扣年假行为即为合法有效。
带薪年假安排：
- 根据《职工带薪年休假条例》，如果公司安排了员工休带薪年假，并且员工在休假期间享受了与正常工作期间相同的工资收入（包括各项福利待遇），则公司可以扣除相应天数的年假。这种情况下，扣年假也是合法的。
二、不合法的扣年假情况
未经协商擅自扣除：
- 若公司未与员工进行协商，单方面决定将疫情期间不能上班的时间直接扣除为年假，这种行为是不合法的。员工对年假的使用享有一定权利，未经其同意，公司不得随意处置。
- 例子：员工未接到任何通知，却发现工资单上年假被扣除用于疫情期间，这侵犯了员工的合法权益。
违反当地政策规定：
- 各地政府在疫情期间可能出台了一系列保障劳动者权益的政策。这些政策可能明确规定，对于因疫情防控等原因导致企业停工停产、员工不能上班的情况，应按照相关停工停产的规定支付工资，而不能简单地用年假冲抵。如果公司违反这些政策扣年假，同样是不合法的。
- 例子：当地政府规定企业因疫情停工停产在一个工资支付周期内的，应按照劳动合同约定的标准支付劳动者工资，此时企业扣年假就不符合规定。
未保障工资待遇：
- 即使公司安排了员工休带薪年假，但如果员工并未实际享受到与正常工作期间相同的工资收入（如仅支付了基本工资而未支付其他福利待遇），则公司无权单方面扣除员工的年假。此时，公司应与员工进行协商，并依法支付员工在疫情期间未能正常工作的工资待遇。
三、应对措施与建议
- 与公司协商：如果公司要求扣年假，员工应首先与公司进行友好协商，明确阐述相关法律规定，争取自身合法权益。
- 投诉或申请劳动仲裁：若协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 保留证据：在整个过程中，员工应保留好相关证据，如与公司的沟通记录、劳动合同、工资支付凭证等，以便在必要时作为维权依据。
综上所述，疫情期间公司是否可以因员工不能上班而扣年假，需根据具体情况判断。员工应充分了解相关法律法规，积极与公司沟通协商，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。