针对您提出的问题，即当事人签订了两个合同，一个约定了法院管辖，另一个约定了仲裁，这种情况应当如何处理，我的分析如下：
合同独立性原则：
- 首先，需要明确的是，每个合同都是独立的法律文件，其管辖条款（无论是法院管辖还是仲裁管辖）通常只对该合同本身具有约束力。这意味着，一个合同的管辖条款不会自动适用于另一个合同，除非双方有明确的约定或者法律有特别规定。
仲裁条款的优先性（在特定情境下）：
- 如果两个合同之间存在主从关系，且主合同中约定了仲裁条款，从合同未约定管辖或约定了法院管辖，但主从合同纠纷具有不可分性时，根据《仲裁法》及相关司法解释，仲裁条款可能对从合同也产生约束力。但这种情况较为特殊，需要具体分析合同内容、交易习惯及双方意图等因素。
- 然而，在大多数情况下，如果两个合同是独立的，且各自约定了不同的管辖方式，那么它们将分别受各自管辖条款的约束。
可能的解决方案：
- 协商一致：双方可以协商选择一种统一的管辖方式，并签订补充协议以明确之。这是最为和谐且高效的解决方式。
- 分别处理：如果协商不成，且两个合同确实独立，那么双方可能需要根据各自合同的管辖条款，分别向法院提起诉讼或提交仲裁。这可能会导致诉讼或仲裁程序的复杂性和成本的增加。
- 法律途径确定：在极端情况下，如果双方对管辖问题存在严重争议，且无法通过协商解决，那么可能需要通过法律途径（如提起管辖权异议之诉）来确定最终的管辖方式。
法律建议：
- 在签订合同时，双方应明确约定管辖方式，以避免后续争议。如果可能，尽量选择一种统一的管辖方式，以简化纠纷解决程序。
- 如果已经签订了两个约定不同管辖方式的合同，且双方对管辖问题存在争议，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。
总结来说，针对您提出的问题，关键在于明确两个合同的独立性以及各自管辖条款的约束力。在大多数情况下，如果两个合同独立且各自约定了不同的管辖方式，那么它们将分别受各自管辖条款的约束。然而，在特定情境下（如主从合同关系），仲裁条款可能具有优先性。因此，建议双方根据具体情况协商选择一种统一的管辖方式，或及时咨询专业律师以制定合适的解决方案。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请随时向我咨询。