结论：个体工商户被注销后，经营者是否适用仲裁约定需分情况讨论。若仲裁程序尚未启动，应以经营者为被申请人；若仲裁程序已启动或裁决已作出，应依法变更被申请人或被执行主体为经营者。以下是对该问题的详细分析：
一、仲裁程序启动前的处理
个体工商户注销的影响：
- 个体工商户在法律上属于合法的用人单位，当其注销后，其作为用人单位的主体资格即消灭。因此，在准备申请仲裁时，若发现个体工商户已注销，则无法直接将其列为被申请人。
经营者的责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五十六条，个体工商户的债务，个人经营的，以个人财产承担；家庭经营的，以家庭财产承担。这意味着，即使个体工商户注销，其债务（包括劳动争议中的债务）仍由经营者承担。
仲裁申请的提交：
- 在这种情况下，申请人应以该个体工商户的经营者为被申请人提交仲裁申请，并注明经营者的身份信息。这样，仲裁机构就能明确责任主体，继续仲裁程序。
二、仲裁程序进行中的处理
审理过程中注销：
- 如果在仲裁程序审理过程中，个体工商户注销，当事人应及时将这一情况告知仲裁机构。
- 仲裁机构通常会变更被申请人，将经营者列为新的被申请人，继续仲裁程序。这样做是为了确保案件审理不受影响，维护当事人的合法权益。
裁决作出后注销：
- 如果仲裁裁决已经作出，但在执行前个体工商户注销，权利人可以向法院申请变更被执行主体为经营者。
- 法院会根据相关法律法规和案件事实，审查并决定是否变更被执行主体。一旦变更，经营者就需履行裁决确定的义务。
三、仲裁时效的考虑
一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
时效中断与中止：
- 如果在个体工商户注销后的一年内，劳动者因向经营者主张权利、向有关部门请求权利救济或经营者同意履行义务等情形导致仲裁时效中断，那么仲裁时效期间会重新计算。
- 如果因不可抗力或有其他正当理由导致劳动者不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁，仲裁时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
四、实际操作建议
准备相关材料：
- 在处理个体工商户注销后的仲裁问题时，务必准备好证明个体工商户与经营者关系的材料，如营业执照、身份证明等。这些材料有助于顺利推进仲裁程序。
及时咨询与行动：
- 如果您面临个体工商户注销后的仲裁问题，建议及时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。同时，您也应积极采取行动，维护自身合法权益，避免错过仲裁时效或面临其他不利后果。
总结：个体工商户被注销后，经营者是否适用仲裁约定取决于仲裁程序的具体阶段和时效情况。在处理这类问题时，务必遵循相关法律法规和仲裁程序的规定，确保法律程序的正确性和有效性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。