结论前置：
- 个体工商户注销后，员工在特定情况下仍有可能申请劳动仲裁，但关键在于是否存在时效中断、中止的情形，以及能否将相关责任主体（如经营者）列为被申请人。
- 若自权利被侵害之日起已超过一年，且不存在时效中断或中止的情形，则可能面临仲裁时效已过的问题，但具体仍需结合当地法律法规和劳动仲裁机构的具体指导来判断。
详细分析：
一、主体资格问题
个体工商户在法律上属于合法的用人单位，当其注销后，作为用人单位的主体资格即消灭。在劳动仲裁中，通常需要有明确的被申请人，而已注销的个体工商户无法再作为被申请人。然而，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，个体工商户注销后，劳动者可以考虑将其经营者列为被申请人。因为个体工商户的债务，个人经营的以个人财产承担，家庭经营的以家庭财产承担。在劳动争议中，经营者需对个体工商户存续期间的劳动用工责任负责。
二、仲裁时效问题
一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若自权利被侵害之日起已超过一年，且不存在时效中断或中止的情形，劳动者可能会面临仲裁时效已过的问题。
时效中断与中止：
- 仲裁时效可能因以下情形而中断：当事人一方向对方当事人主张权利，向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
- 因不可抗力或有其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
- 因此，即使个体工商户注销一年多，若存在上述时效中断或中止的情形，劳动者仍在仲裁时效内，可以申请劳动仲裁。
三、实际操作建议
- 评估时效情况：劳动者应首先评估自己的情况是否符合时效中断或中止的条件。例如，是否在权利被侵害后的一年内内向个体工商户或其经营者主张过权利，或者是否向有关部门请求过权利救济等。
- 收集证据：劳动者应尝试收集与个体工商户经营者相关的证据，如经营者的身份信息、个体工商户的注销证明、与劳动争议相关的证据材料等，以便在必要时将其列为被申请人。
- 咨询与申请：为确保自身权益得到妥善维护，劳动者应尽快咨询当地的劳动监察部门或劳动仲裁机构，获取更具体、更专业的指导和帮助，并根据指导及时申请劳动仲裁。
四、特殊情况说明
- 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的第四款规定，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。因此，在这种情况下，即使个体工商户已注销，劳动者仍有可能在劳动关系终止后的一年内申请劳动仲裁。
综上所述，个体工商户注销后员工能否仲裁劳动合同，需根据具体情况判断。劳动者应充分了解相关法律法规和仲裁程序，积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。