个体营业执照注销后，员工仍然可以申请劳动仲裁。不过，这需要根据具体情况来分析：

1. 若个体工商户是以个人经营的：

   • 注销后，其责任由经营者个人承担。员工可将经营者列为被申请人申请劳动仲裁，主张相应的劳动权益，如未支付的工资、经济补偿等。在这种情况下，仲裁机构会依法审查员工的诉求及相关证据，并依据法律规定作出裁决。

2. 若个体工商户是以家庭经营的：

   • 则以家庭财产承担责任。员工可将参与家庭经营的家庭成员列为被申请人申请仲裁。不过，在实践中可能会面临一些取证困难的问题，比如证明经营者身份、家庭经营的范围等。因此，员工需要尽可能收集充分的证据，如工作记录、工资支付凭证、证人证言等，以支持自己的仲裁请求。

综上所述，个体工商户注销并不必然导致员工无法通过仲裁维护自身合法权益。在申请劳动仲裁时，员工应明确自己的诉求和仲裁依据，积极收集证据，并考虑通过和解或调解的方式解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我擅长处理此类劳动工伤问题。