中小企业执照注销后，员工原则上不能直接以该企业为被申请人进行劳动仲裁，因其主体资格已消失。但在特定情况下，员工仍可通过合法途径维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：

一、企业注销后的一般情况

企业注销意味着其法人资格消灭，不再具有法律上的诉讼主体地位。因此，在一般情况下，员工无法直接以该企业为被申请人进行劳动仲裁。这是因为劳动仲裁需要明确的双方当事人，而注销后的企业已不具备这一条件。

二、特定情况下的维权途径

1. 清算组未依法处理债权：

   • 如果企业在注销过程中存在未依法清算等违法情形，导致员工的劳动报酬、经济补偿等债权未得到妥善处理，员工可以向清算组申报债权。
   • 若清算组未依法处理员工债权，员工有权向法院提起诉讼，要求清算组承担相应责任。此时，员工需通过民事诉讼程序来维护自身权益，而非劳动仲裁。

2. 股东或相关责任主体担责：

   • 若企业未经依法清算即办理注销登记，导致员工无法主张权利，员工可以将有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人列为共同被告，要求他们对公司债务承担清偿责任。
   • 在这种情况下，员工同样需要通过民事诉讼程序来维权，而非劳动仲裁。

三、法律建议与注意事项

1. 及时关注企业注销情况：

   • 员工应密切关注企业的注销动态，一旦发现企业有注销迹象，应及时与企业沟通，了解债权债务处理情况，并尽早主张自身权益。

2. 收集并保留证据：

   • 在维权过程中，员工应收集并保留与劳动关系、工资支付、经济补偿等相关的证据，如劳动合同、工资单、银行转账记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。

3. 咨询专业律师：

   • 由于劳动仲裁和民事诉讼程序涉及复杂的法律问题和程序要求，员工在维权过程中应咨询专业律师的意见。作为专注于医疗事故赔偿、工伤赔偿领域的律师，我也可以为你提供相关的法律咨询和帮助。

4. 注意时效限制：

   • 劳动仲裁和民事诉讼通常都有一定的时效限制。员工应在法定时效内及时主张权利，避免因超过时效而丧失维权机会。