公司注销后，员工通常不能以其为被申请人进行劳动仲裁，但存在特殊情况。
公司注销意味着其法人资格消灭，不再具有诉讼主体资格。因此，在一般情况下，员工无法再对公司提起劳动仲裁。然而，若存在以下特殊情况，员工仍有可能进行维权：
公司注销前未依法清偿劳动债务：如果公司注销前存在未处理的劳动债务，如拖欠工资、未支付加班费等，且股东存在出资不实、抽逃出资等滥用股东权利情形，员工可以将这些股东列为被申请人，通过劳动仲裁或民事诉讼来维权。
公司未经依法清算即注销登记：如果公司未经依法清算就办理了注销登记，员工可以要求有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。在这种情况下，员工同样可以通过法律途径来维护自己的权益。
在申请劳动仲裁或民事诉讼时，员工需要准备充分的证据来支持自己的主张，如劳动合同、工资条、考勤记录等。这些证据将有助于证明员工与公司的劳动关系以及公司存在的违法行为。
总之，虽然公司注销后员工通常无法再对其提起劳动仲裁，但在特定情况下，员工仍有可能通过法律途径来维护自己的合法权益。如果您遇到类似问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权益和维权途径。