经营者可以作为仲裁申请人，但需根据个体工商户的具体情况及仲裁协议的约定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、个体工商户的法律地位与仲裁资格
个体工商户在法律上虽非独立法人，但根据《中华人民共和国民法典》及相关规定，其具有民事主体资格，能够以自己的名义从事民事活动，包括签订合同和参与仲裁。因此，当个体工商户作为合同一方签订仲裁协议时，其经营者（或个体工商户本身）通常具备作为仲裁申请人的资格。
二、仲裁协议的有效性及主体问题
仲裁协议的有效性：
- 仲裁协议需明确约定仲裁事项、仲裁机构，且双方意思表示真实、合法，方为有效。
- 若仲裁协议中明确了个体工商户作为一方当事人，且未限制其经营者作为申请人，则经营者可依据协议提起仲裁。
主体资格的明确性：
- 若仲裁协议中直接列明了经营者姓名或个体工商户字号，并明确其作为仲裁一方，则经营者可直接作为申请人。
- 若协议中仅列明“个体工商户”而未具体指明经营者，实践中可能需结合工商登记资料等证明经营者与个体工商户的关系，以确认其申请人资格。但通常，经营者作为个体工商户的实际控制人，在仲裁中可代表个体工商户行事。
三、实践中的操作建议
审查仲裁协议：
- 经营者应首先审查仲裁协议的内容，确认自己或个体工商户是否被明确列为仲裁一方。
- 若协议表述模糊，可考虑与对方协商补充明确，或通过法律途径确认申请人资格。
准备相关证据：
- 在提起仲裁时，经营者需准备个体工商户的营业执照、工商登记资料等，以证明其与个体工商户的关系及作为申请人的合法性。
注意仲裁程序：
- 遵循仲裁机构规定的程序，按时提交仲裁申请书、证据材料等，确保仲裁程序的顺利进行。
四、特殊情况下的处理
若个体工商户已注销：
- 若个体工商户在仲裁前已注销，其经营者可能需以个人名义继续仲裁（若原债务或纠纷可追溯至经营者个人），或面临仲裁申请被驳回的风险（若原纠纷仅涉及个体工商户且无法追溯至个人）。
- 此时，经营者应咨询专业律师，评估风险并制定相应策略。
若仲裁协议存在瑕疵：
- 如仲裁协议未明确仲裁机构、仲裁事项不明确等，可能导致仲裁申请被驳回。
- 经营者应及时与对方协商补正，或通过诉讼途径解决纠纷。
总结：经营者作为个体工商户的实际控制人，在仲裁协议有效且明确其或个体工商户为仲裁一方的情况下，通常可以作为仲裁申请人。但具体操作时需审查协议内容、准备相关证据，并注意仲裁程序及特殊情况下的处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。