结论：在个体工商户与劳动者之间的劳动纠纷中，申请仲裁的主体通常是劳动者，而个体工商户则作为被申请人。不过，也存在一些特殊情况，比如个体工商户若已注销，则可能由经营者个人作为被申请人。接下来，我将从多个角度详细解释这一问题。
一、一般情况下的申请仲裁主体
在个体工商户与劳动者之间的劳动纠纷中，如果双方无法通过协商解决争议，劳动者通常会选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。此时，劳动者是申请仲裁的主体，他们需要提交仲裁申请书，并附上相关证据材料，以证明自己的权益受到了侵害。而个体工商户则作为被申请人，需要接收仲裁通知，并在规定时间内提交答辩状和相关证据。
二、特殊情况下的申请仲裁主体
个体工商户注销的情况：
- 如果个体工商户在劳动纠纷发生前或发生后已经注销，那么劳动者在申请仲裁时，就不能再将个体工商户作为被申请人。此时，劳动者可以将个体工商户的经营者个人作为被申请人。因为个体工商户的经营者个人对个体工商户的债务承担无限责任，包括因劳动纠纷产生的债务。
个体工商户与经营者身份重合的情况：
- 在一些小型个体工商户中，经营者可能直接参与经营，并与劳动者建立劳动关系。在这种情况下，如果发生劳动纠纷，劳动者在申请仲裁时，虽然名义上是被申请人为个体工商户，但实际上仲裁结果可能会直接影响到经营者的个人利益。不过，从法律程序上讲，申请仲裁的主体仍然是劳动者，被申请人为个体工商户（或注销后的经营者个人）。
三、申请仲裁的流程与注意事项
提交仲裁申请书：
- 劳动者需要向劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请书，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应当载明劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务，以及仲裁请求和所根据的事实、理由等。
接收仲裁通知与提交答辩状：
- 劳动争议仲裁委员会在收到仲裁申请后，会在规定时间内将仲裁申请书副本送达被申请人（个体工商户或经营者个人）。被申请人需要在规定时间内提交答辩状和相关证据。
参加仲裁庭审：
- 仲裁庭会在开庭前通知双方当事人开庭日期和地点。双方当事人需要按时参加庭审，并陈述自己的意见和提供证据。仲裁庭会根据双方当事人的陈述和证据，作出裁决。
注意事项：
- 劳动者在申请仲裁前，应当尽量收集相关证据材料，以证明自己的权益受到了侵害。
- 劳动者在申请仲裁时，应当注意仲裁时效的问题。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 如果劳动者对仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
四、法律建议
- 对于劳动者而言，在发生劳动纠纷时，应当及时与个体工商户进行协商，尽量通过协商解决争议。如果协商无果，再考虑申请仲裁或提起诉讼。
- 对于个体工商户而言，应当遵守劳动法律法规，保障劳动者的合法权益。在发生劳动纠纷时，应当积极与劳动者进行协商，尽量化解矛盾。如果确实无法协商解决，也应当积极配合仲裁或诉讼程序，维护自己的合法权益。
希望以上解答能够对你有所帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。