不合法。根据我国《社会保险法》的规定，用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。因此，如果员工的平均工资为每月5千多，但社保却是按4千多的最低基数来缴纳，这通常是不合法的，除非有特殊情况或地方政策另有规定。
以下是对此问题的详细分析：
法律规定：根据《社会保险法》第十二条，用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费。这意味着社保缴纳基数应与员工的实际工资相符。
实际情况：在实际操作中，有些企业可能会为了降低成本，选择按照最低基数为员工缴纳社保。这种做法虽然可能降低了企业的社保缴费负担，但却损害了员工的权益。
员工权益：社保缴纳基数直接影响到员工未来的社保待遇，包括养老金、医疗保险报销等。如果社保缴纳基数低于实际工资，那么员工在享受社保待遇时也会受到相应的影响。
法律后果：如果企业未按照实际工资为员工缴纳社保，员工有权向劳动监察部门投诉。一旦查实，企业可能需要补缴社保费用，并可能面临罚款等法律后果。
综上所述，如果员工的平均工资为每月5千多，但社保却是按4千多的最低基数来缴纳，这通常是不合法的。员工有权要求企业按照实际工资缴纳社保，以维护自己的合法权益。如果你在这方面有进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。