针对员工向公司借款但未报销的情况，核心结论是公司应通过规范流程、沟通协商、制度约束及法律途径等综合方式处理，具体需结合借款性质、公司制度及证据情况来操作。以下是详细分析：
一、明确借款性质与用途
区分借款与预支
若借款是员工因公预支（如差旅费、采购款），需先确认公司是否有明确的预支制度（如报销流程、时限要求）。若制度规定“预支后需在X日内提交发票报销”，员工未履行则构成违约，公司可依据制度追责。
若借款是员工私人用途（如个人紧急借款），则属于民间借贷关系，需按民间借贷规则处理。
核查借款协议或凭证
检查借款时是否签订书面协议（如《借款单》《预支申请表》），协议中是否明确还款期限、利息（如有）、违约责任等条款。若有书面约定，公司可依据协议主张权利。
二、公司可采取的具体措施
内部沟通与催告
- 友好协商：优先通过沟通了解员工未报销的原因（如发票丢失、未及时办理等），协商补交发票或分期还款。
- 书面催告：若协商无果，公司可发送《催告函》，明确要求员工在X日内提交报销材料或归还借款，并保留送达证据（如邮件、签字回执）。
依据公司制度处理
- 若公司制度规定“未按时报销可从工资中扣除”，需确保制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示（如员工签字确认），否则可能因程序违法被认定无效。
- 扣除工资时需注意：每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
法律途径追偿
- 劳动仲裁：若借款与工作相关（如预支），可申请劳动仲裁，要求员工返还借款或完成报销。需提交借款协议、催告记录等证据。
- 民事诉讼：若借款为私人用途，可直接向法院起诉，案由为“民间借贷纠纷”。需提供借款凭证（如转账记录、借条）、催告记录等证据。
三、风险防范建议
完善借款流程
- 制定书面《借款管理制度》，明确借款条件、审批流程、报销时限、违约责任等。
- 要求员工在借款时签署《承诺书》，承诺按时报销或还款，否则承担相应责任。
加强证据留存
- 保留借款协议、转账记录、催告函、员工签字确认的文件等，避免因证据不足败诉。
- 对大额借款，可要求员工提供担保（如房产抵押、第三方保证）。
定期清理账目
- 财务部门应定期核对借款台账，对超期未报销的员工及时跟进，避免形成呆账。
总结：公司需根据借款性质选择处理方式，优先通过沟通协商解决；若员工拒不配合，可依据制度或法律途径追偿，同时完善内部流程防范风险。如有具体案例或证据问题，可进一步向我咨询细节。