结论：不在对方公司上班但被扣税是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，如果双方存在劳动关系且公司按照法律规定代扣代缴个人所得税，则是合法的；但如果双方不存在劳动关系或公司扣税行为违反法律规定，则是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、存在劳动关系且公司依法代扣代缴个人所得税
法律依据：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得应当缴纳个人所得税，包括工资、薪金所得等。
- 用人单位作为扣缴义务人，有义务按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税。
合法性分析：
- 如果您与对方公司存在劳动关系，即使您不在公司实际上班（如因出差、休假等原因），但公司仍按照您应得的工资、薪金等收入代扣代缴个人所得税，这是合法的。
- 公司代扣代缴个人所得税的行为，是履行其作为扣缴义务人的法律责任，也是保障国家税收收入的重要措施。
二、不存在劳动关系或公司扣税行为违反法律规定
不存在劳动关系：
- 如果您与对方公司不存在劳动关系，如您是独立承包商、自由职业者或仅提供一次性服务等，那么公司无权代扣代缴您的个人所得税。
- 在这种情况下，如果公司仍然扣税，则可能构成违法行为，您有权向税务机关投诉或寻求法律救济。
公司扣税行为违反法律规定：
- 即使双方存在劳动关系，如果公司扣税行为违反法律规定，如未按照实际收入代扣代缴、多扣或少扣税款等，也是不合法的。
- 例如，公司可能故意低估您的收入以减少代扣代缴的税款，或者将您的收入错误地归类为其他类别以逃避税收等。这些行为都违反了税收法律法规，您有权要求公司纠正并可能寻求法律救济。
三、建议与行动
核实劳动关系：
- 首先，您需要核实自己与对方公司是否存在劳动关系。这可以通过查看劳动合同、工资单、社保缴纳记录等证据来确定。
了解扣税情况：
- 其次，您需要了解公司扣税的具体情况，包括扣税的金额、依据和方式等。您可以向公司财务部门或人力资源部门咨询相关情况。
寻求法律救济：
- 如果您认为公司扣税行为不合法或存在争议，您可以先与公司协商解决。如果协商无果，您可以向当地税务机关投诉或寻求法律救济。在投诉或寻求法律救济时，您需要提供相关证据来支持自己的主张。
总结：不在对方公司上班但被扣税是否合法，需根据双方是否存在劳动关系以及公司扣税行为是否符合法律规定来判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。