关于员工每月规定休假三天，超出三天后工资如何核算的问题，这确实需要根据公司的具体规章制度、劳动合同中的相关约定，以及假期的性质来综合判断。以下是我为您详细梳理的解答：
一、明确公司规定与合同约定
查阅公司制度：首先，建议您查阅公司的员工手册、规章制度或相关政策文件，这些文件中通常会明确关于假期管理、考勤制度及工资计算的具体规定。
确认劳动合同：劳动合同是您与公司之间的重要法律文件，其中可能包含关于工资支付、加班、请假等条款，这些条款对于确定工资计算方式具有法律约束力。
二、分析休超假期的性质
事假：如果您因个人原因超出规定假期休假，且未获得公司批准，这通常被视为事假。事假期间，公司有权根据规定不支付工资或按照一定比例扣减工资。
病假：若您因病需要停止工作医疗，且在规定的医疗期内，公司应支付不低于当地最低工资标准80%的病假工资。
其他特殊假期：如婚假、产假等，其处理方式需根据相关法律法规及公司政策执行。
旷工：若您未经批准擅自离岗超过规定时间，可能被视为旷工。旷工不仅会影响当月工资，还可能面临纪律处分甚至解除劳动合同的风险。
三、工资计算方式
基本工资：在大多数情况下，您的基本工资（即固定薪资部分）不会因休超假期而直接减少。但需注意，若因旷工导致整月出勤天数严重不足，公司可能会按比例调整基本工资的发放。
扣除款项：
四、示例说明
假设您月薪为6000元，其中基本工资5000元，绩效奖金1000元。该月规定假期为3天，但实际休假5天（超出2天）。根据公司规定，事假期间按日薪的全额支付工资（但此处为说明情况，我们假设按80%计算，实际需根据公司规定），旷工则全额扣除工资。
五、建议
提前沟通：在休假前，建议您与公司的人力资源部门或直属上级进行沟通，了解清楚公司的相关规定和政策。
保留证据：如因特殊原因需要休假，请务必保留好相关证据（如医疗证明、结婚证等），以便在需要时提供给公司。
咨询专业意见：如遇到复杂情况或对公司规定有疑问，建议您咨询专业的人力资源部门或法律顾问以获取准确的解答。
希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问，请随时提问。