结论：针对员工已经工作三年未签订合同的情况，公司现在与员工签订合同，需要特别注意合同的签订方式、内容以及可能涉及的法律后果。以下是从多个角度给出的合理建议。
一、合同签订方式
协商一致原则：首先，公司应与员工进行充分沟通，就签订劳动合同的事宜达成一致。这是基于《中华人民共和国劳动合同法》的基本原则，即劳动合同的签订应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
书面形式：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条的规定，建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。因此，公司应与员工签订书面的劳动合同，以明确双方的权利和义务。
二、合同内容要点
合同期限：由于员工已经工作三年，公司可以考虑与员工签订无固定期限劳动合同，或者根据公司的实际需求和员工的意愿，签订有固定期限的劳动合同。但需注意，如果符合签订无固定期限劳动合同的条件（如员工已连续工作满十年等），而公司未提出签订无固定期限劳动合同，员工有权要求签订。
工作内容和地点：合同中应明确员工的工作岗位、工作内容以及工作地点，以便员工了解自己的工作职责和工作环境。
劳动报酬：合同中应明确员工的工资标准、支付方式以及支付时间等，确保员工的劳动报酬得到保障。
社会保险和福利：公司应按照国家规定为员工缴纳社会保险费，并在合同中明确相关福利待遇，如年假、病假等。
三、可能涉及的法律后果及应对措施
双倍工资风险：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。虽然员工已经工作三年，但如果公司现在仍未与其签订书面劳动合同，理论上仍存在支付双倍工资的风险（但实践中，对于超过一年未签订劳动合同的情况，部分地区可能视为已订立无固定期限劳动合同，不再支持双倍工资的诉求，具体需根据当地司法实践判断）。为避免此风险，公司应尽快与员工签订书面劳动合同。
经济补偿风险：如果公司因未签订劳动合同而面临劳动争议，且最终被认定存在违法行为，可能还需要根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定向员工支付经济补偿。因此，公司应重视劳动合同的签订工作，确保合规性。
四、建议操作流程
准备合同草案：公司应准备一份详细的劳动合同草案，包括上述提到的合同内容要点。
与员工沟通：公司应与员工进行充分沟通，解释合同的内容和意义，确保员工对合同有充分的理解。
签订合同：在双方达成一致后，公司应与员工正式签订书面劳动合同，并各自保留一份原件。
备案和公示：根据当地的规定，公司可能还需要将劳动合同进行备案或公示，以确保合同的合法性和有效性。
五、后续注意事项
合同续签和变更：在合同期限届满前，公司应与员工协商续签或变更合同的事宜，确保劳动关系的连续性和稳定性。
合规管理：公司应建立健全的劳动合同管理制度，确保所有员工的劳动合同都得到及时签订、续签和变更，避免类似问题的再次发生。
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