结论：病假3个月每个月公司有缺勤扣款一千多是否正常，不能一概而论，这取决于多个因素，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。下面我将从几个角度详细分析这个问题。
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 公司有权根据自身的经营情况和员工管理需要，制定规章制度，包括病假期间的工资支付和缺勤扣款规定。
- 如果公司的规章制度中明确规定了病假期间的缺勤扣款标准，并且这一标准不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合法的。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定双方权利和义务的法律文件。
- 如果劳动合同中明确约定了病假期间的工资支付方式和缺勤扣款标准，那么双方应当按照劳动合同的约定执行。
二、相关法律法规的规定
病假工资支付：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地的地方性法规，员工在病假期间，公司应当支付病假工资或疾病救济费。
- 病假工资的具体支付标准可能因地区而异，但通常不得低于当地最低工资标准的80%。
缺勤扣款限制：
- 虽然公司有权对员工的缺勤进行扣款，但这一扣款应当合理且合法。
- 扣款金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果公司每月扣款一千多，需要核实是否超出了这一限制。
三、具体分析
如果公司规章制度和劳动合同均有明确规定，且符合法律法规：
- 那么公司每月扣款一千多可能是正常的，只要这一扣款标准没有超出法律法规的限制，并且员工在入职时已经知晓并同意这一规定。
如果公司规章制度或劳动合同没有明确规定，或者规定违反法律法规：
- 那么公司每月扣款一千多可能是不正常的。员工有权要求公司按照法律法规的规定支付病假工资，并不得随意扣款。
核实扣款是否超出限制：
- 员工需要核实自己的月工资以及公司的扣款标准，计算扣款是否超出了月工资的20%，以及扣除后的剩余工资是否低于当地最低工资标准。
四、建议
与公司沟通：
- 员工可以首先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司病假期间的工资支付和缺勤扣款规定。
查阅劳动合同和规章制度：
- 员工可以查阅自己的劳动合同和公司的规章制度，了解相关规定是否明确且合法。
咨询专业律师或劳动监察部门：
- 如果员工对公司的规定有疑问或认为公司的扣款行为违法，可以咨询专业律师或向当地的劳动监察部门投诉。
举例说明：假设员工的月工资为5000元，按照法律法规的规定，公司每月最多只能扣款1000元（即月工资的20%），且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果公司每月扣款一千多，且扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，那么公司的扣款行为就是违法的。
最后，病假期间的工资支付和缺勤扣款问题涉及员工的切身利益，员工应当了解自己的权益并积极维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。