当建设工程施工合同被认定为无效，且工程存在不合格情况时，发包方确实有权要求建设方（承包人）赔偿因无法使用工程而产生的损失。以下是一个清晰、详细且有深度的解答流程：

一、确认合同无效的情形

首先，需要明确合同无效的具体原因。根据相关法律法规，建设工程施工合同可能因以下情形被认定为无效：

1. 承包人未取得或超越了建筑施工企业的资质等级；
2. 无资质的实际施工人借用了有资质企业的名义进行施工；
3. 工程必须进行招标但未招标，或者中标无效；
4. 承包人存在非法转包或违法分包的行为。

确认合同无效的情形是后续索赔的基础，因为不同的无效原因可能影响到赔偿的范围和方式。

二、明确损失范围

发包方需要详细列出因工程不合格而无法使用所造成的损失，这些损失包括但不限于：

1. 实际损失：

   • 修复工程不合格部分所需的费用；
   • 若工程无法修复，则拆除重建的费用；
   • 因工期延误而产生的额外费用，如场地租赁费、对第三方的违约赔偿等；
   • 因合同无效而已经支付的预付款项，以及额外支出的招标费、监理费等。

2. 可得利益损失：

   • 如果能够充分证明，发包方还可以主张因工程未能按时完工并投入使用而预期获得的利润损失。

三、收集证据

为了支持赔偿主张，发包方需要收集充分的证据来证明承包人的过错以及所遭受的损失。这些证据可能包括：

• 合同相关文件，如施工合同、补充协议、招投标文件等；
• 工程资料，如图纸、进度报告、质量检验报告等；
• 费用支出凭证，如工程款支付凭证、其他费用发票等；
• 往来函件及会议纪要，以证明双方就工程问题进行的沟通和协商。

四、尝试协商解决

在收集了足够的证据后，发包方应首先尝试与承包人进行友好协商，明确指出合同无效的原因、所遭受的损失以及赔偿要求。如果双方能够达成一致，应签订书面协议以明确赔偿细节，如赔偿金额、支付方式、支付时间等。

五、通过法律途径解决

如果协商不成，发包方可以根据合同中的约定选择向有管辖权的人民法院提起诉讼，或者向约定的仲裁机构申请仲裁。在此过程中，发包方需要准备充分的诉讼或仲裁材料，包括证据清单、赔偿计算书等，并积极参与庭审或仲裁程序，以维护自己的合法权益。

六、注意事项

• 在处理合同无效问题时，发包方应特别注意保留相关证据，以免因证据不足而无法支持赔偿主张。
• 发包方应了解相关法律法规和司法实践，以确保自身权益得到充分保护。例如，如果工程验收不合格且无法修复，发包方有权拒绝支付工程款；如果工程验收合格或虽不合格但可修复，发包方可以按实际工程量结算，并要求承包人赔偿损失。

综上所述，当建设工程施工合同无效且工程不合格时，发包方应明确合同无效的情形、损失范围，积极收集证据，并尝试通过协商或法律途径解决赔偿问题。在整个过程中，发包方需保持高度的法律意识，以确保自身权益得到有效维护。