结论：遇到下暴雨或特殊情况导致迟到打卡，能否不扣除全勤罚款，这主要取决于公司的规章制度以及相关法律法规的规定，一般情况下，如果公司规章制度未明确规定此类情况可免除处罚，则公司有权扣除全勤罚款；但如果公司规章制度有相关规定或存在不合理之处，员工有权提出异议。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 规章制度内容：公司通常会制定一套完整的考勤管理制度，其中会明确规定迟到、早退等行为的处罚措施，包括是否扣除全勤罚款。如果规章制度中明确规定了因不可抗力因素（如暴雨、地震等自然灾害）导致的迟到可以免除处罚，那么员工在这种情况下迟到就不应被扣除全勤罚款。
   • 规章制度合理性：即使规章制度中没有明确规定此类情况，但如果公司扣除全勤罚款的做法明显不合理，比如暴雨导致交通瘫痪，员工无法按时到达公司，此时扣除全勤罚款可能违背公平原则。员工可以与公司协商，或者依据相关法律法规提出异议。

2. 相关法律法规的角度：

   • 劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，员工享有获得劳动报酬的权利，同时也有义务遵守公司的规章制度。然而，法律并未直接规定因不可抗力因素导致的迟到是否可以免除处罚，这通常留给公司规章制度来具体规定。
   • 公平原则：在劳动法律关系中，公平原则是一个重要的原则。如果公司因为不可抗力因素导致的迟到而扣除全勤罚款，且这种做法对员工明显不公平，员工可以依据公平原则与公司进行协商，或者寻求法律援助。

3. 实际操作建议：

   • 查看规章制度：员工首先应查看公司的考勤管理制度，了解其中关于迟到处罚的具体规定。
   • 与公司协商：如果规章制度中未明确规定因不可抗力因素导致的迟到可以免除处罚，或者员工认为公司的做法不合理，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
   • 保留证据：在协商过程中，员工应保留好相关证据，如天气预报、交通状况证明等，以证明自己迟到是由于不可抗力因素导致的。
   • 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

举例说明：假设某公司规章制度中规定，员工迟到一次扣除全勤奖金的20%。但在某次暴雨天气中，由于交通瘫痪，许多员工都无法按时到达公司。此时，如果公司仍然按照规章制度扣除所有迟到员工的全勤奖金，这种做法可能引发员工的不满和争议。员工可以与公司协商，提出因不可抗力因素导致的迟到应免除处罚的建议。如果公司拒绝协商或协商无果，员工可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的权益。

后续行动建议：如果你遇到了类似的情况，建议先查看公司的规章制度，了解其中关于迟到处罚的具体规定。然后，与公司进行协商，寻求合理的解决方案。如果协商无果，可以保留好相关证据，并考虑寻求法律援助。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。