结论：在您描述的情况下，即与同一公司但合同分两个公司签订，赔偿的计算方式会涉及多个因素，包括合同的具体内容、实际用工关系、以及可能存在的关联关系等。以下是从不同角度对这一问题的详细分析。

一、合同内容与实际用工关系

1. 合同内容：首先，需要仔细审查两份合同的具体内容，特别是关于工作性质、工作地点、工作时间、薪酬待遇、违约责任等关键条款。如果两份合同在实质上构成了对同一劳动关系的描述，那么它们可能被视为一个整体来考虑。

2. 实际用工关系：其次，要关注实际用工关系。即使合同是与两个不同的公司签订的，但如果实际用工方是同一公司，或者两个公司之间存在关联关系（如母子公司、兄弟公司等），那么在实际操作中，可能会将这两个合同视为一个整体来处理。

二、赔偿计算方式

1. 如果合同被视为一个整体：

   • 在这种情况下，赔偿的计算将基于整个劳动关系期间的相关情况，包括但不限于工资收入、工作年限、解除或终止劳动合同的原因等。
   • 赔偿可能包括经济补偿金、赔偿金、未休年假工资、加班费等，具体根据《劳动合同法》等相关法律法规的规定来计算。

2. 如果合同被视为两个独立合同：

   • 如果两份合同在法律上被视为独立的，那么赔偿的计算将分别基于每份合同的具体情况。
   • 这可能意味着，对于每份合同，都需要单独计算经济补偿金、赔偿金等，并考虑是否存在重复计算或遗漏计算的情况。

三、关联关系的影响

• 如果两个公司之间存在关联关系，那么在实际操作中，可能会将这两个合同视为一个整体来处理，以避免通过分割合同来规避法律责任。
• 在这种情况下，赔偿的计算可能会更加复杂，需要综合考虑多个因素，包括关联关系的性质、程度、以及实际用工情况等。

四、建议与行动

1. 收集证据：首先，建议您收集所有与这两份合同相关的证据，包括合同文本、工资单、工作记录、通信记录等。

2. 咨询专业律师：由于这种情况涉及复杂的法律关系和赔偿计算，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。作为专注于婚姻家庭、合同纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和帮助。

3. 考虑协商或诉讼：根据具体情况，您可能需要考虑与雇主进行协商以达成赔偿协议，或者通过法律途径来维护自己的权益。

最后，需要强调的是，每个案件都有其独特性，因此具体的赔偿计算方式需要根据您的具体情况和相关法律法规来确定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。