是否应起诉工程总包公司拖欠土石方运费，需根据具体情况分析，以下分情况讨论：

1. 合同相对性原则：

   • 如果土石方运输合同是您与工程总包公司直接签订的，那么根据合同的相对性原则，您有权直接向工程总包公司主张运费。在此情况下，起诉工程总包公司是合理的选择。
   • 如果合同是与分包商或实际施工人签订的，而总包公司并非合同当事人，那么直接起诉总包公司可能面临法律障碍。但这也并非绝对，因为存在表见代理等特殊情况，即如果分包商或实际施工人的行为足以让您相信其有权代表总包公司签订合同，那么您可能仍有权向总包公司主张权利。

2. 总包公司的责任承担：

   • 即便合同是与分包商或实际施工人签订的，如果总包公司对分包商或实际施工人的债务承担连带责任（例如，因总包公司未支付工程款导致分包商或实际施工人无力支付运费），那么您也可能有权起诉总包公司。这通常取决于具体的合同条款、法律规定以及案件事实。
   • 另外，如果总包公司存在过错，如未尽到监管职责导致分包商或实际施工人拖欠运费，您也可能有权基于侵权责任等法律规定向总包公司主张权利。

3. 实际履行情况：

   • 考虑实际履行情况也很重要。如果总包公司实际上参与了土石方运输的安排、指挥或支付部分运费等，那么这可能构成总包公司对运输合同的认可或参与，从而增加您向总包公司主张权利的成功率。

4. 证据收集与诉讼策略：

   • 在决定是否起诉总包公司之前，您需要收集充分的证据来支持您的主张。这包括运输合同、运费结算单、付款记录、沟通记录等。
   • 同时，您还需要制定合理的诉讼策略，包括确定被告、明确诉讼请求、选择管辖法院等。如果情况复杂，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

法律建议：

• 在决定起诉之前，先尝试与总包公司或相关责任方进行协商，看是否能够通过友好方式解决纠纷。
• 如果协商无果，且您认为有充分的证据和法律依据支持您的主张，那么可以考虑向法院提起诉讼。
• 在诉讼过程中，注意保护自己的合法权益，遵守诉讼程序规定，及时提交证据和陈述意见。

可能后果：

• 如果法院认定您有权向总包公司主张运费，那么总包公司可能需要承担支付运费的责任。
• 如果法院认定您无权向总包公司主张运费，或者您的主张缺乏充分的证据支持，那么您可能需要承担败诉的风险，并可能面临诉讼费用的损失。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。