结论：公司对已归还挪用公款的员工进行罚款的合法性需分情况讨论，具体取决于罚款依据和程序是否符合法律规定。以下从不同角度展开分析：
1. 公司是否有权直接罚款？
- 无权直接罚款：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此无权直接对员工处以罚款。即使员工存在挪用公款的行为，公司也不能通过内部规章制度单方面设定罚款条款。
- 例外情形：若员工的行为给公司造成实际经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》要求员工赔偿，但赔偿金额需以实际损失为限，且不得超过员工当月工资的20%（剩余部分可在后续工资中扣除）。
2. 公司能否通过规章制度设定罚款？
- 无效条款：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》，用人单位通过民主程序制定的规章制度中关于罚款的规定，若与法律强制性规定冲突，将被认定为无效。因此，即使公司规章制度中写明“挪用公款需罚款”，该条款也可能因违法而无效。
- 合法替代措施：公司可通过以下方式维护权益：
- 要求返还挪用款项：员工已归还的，公司可确认款项返还事实；
- 追究民事责任：若挪用行为造成损失，公司可要求员工赔偿；
- 解除劳动合同：若挪用行为严重违反公司规章制度或构成犯罪，公司可依法解除劳动合同。
3. 员工挪用公款是否涉及刑事责任？
- 刑事风险：根据《刑法》第二百七十二条，挪用资金罪的构成要件包括：
- 挪用本单位资金；
- 数额较大（通常为6万元以上）；
- 超过三个月未还，或进行营利/非法活动。
- 已归还的影响：若员工在案发前已归还全部款项，且未造成严重后果，可能不构成犯罪；但若数额巨大或情节严重，仍可能被追究刑事责任。
4. 公司的合法维权路径
- 民事赔偿：公司可要求员工赔偿因挪用行为导致的直接经济损失（如利息损失、交易机会损失等），但需提供充分证据；
- 劳动仲裁：若公司以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，需确保规章制度经过民主程序制定并公示，且员工行为确实达到“严重”程度；
- 刑事报案：若涉嫌犯罪，公司可向公安机关报案，由司法机关依法处理。
总结建议
- 对员工：若公司要求罚款，可明确拒绝并要求公司通过合法途径主张权利；若已签署赔偿协议，需确认协议内容是否合法（如赔偿金额是否合理）。
- 对公司：应完善内部财务制度，加强资金监管；若发现挪用行为，优先通过民事赔偿或解除合同处理，避免直接罚款引发劳动争议。
如有进一步疑问（如具体赔偿金额计算、刑事风险评估等），可直接向我咨询。