公司对公司罚款的合法性需视具体情况而定。

一. 公司对公司罚款的一般情况

1. 无法律直接规定：在我国现行法律体系中，并未直接规定公司可以对其他公司进行罚款。罚款通常作为行政机关对违法行为人的一种行政处罚措施，而公司之间属于平等的民事主体，一方无权对另一方进行罚款。

2. 合同约定可能性：然而，如果两家公司之间签订了合同，并且在合同中明确约定了在特定情况下一方有权对另一方进行经济处罚（如违约金、赔偿金等），那么这种“罚款”在本质上是基于合同约定的民事责任，而非传统意义上的行政罚款。在此情况下，只要合同内容合法且双方自愿签订，那么这种“罚款”就是合法的。

二. 特殊情况下的合法性分析

1. 违约赔偿：如果一家公司因另一家公司的违约行为而遭受经济损失，那么受损方有权要求违约方按照合同约定或法律规定进行赔偿。这种赔偿虽然在经济上表现为一种“支付”，但并非罚款，而是基于违约行为的民事赔偿责任。

2. 合作协议中的约定：在合作过程中，双方可能会通过协议约定某些行为准则和违规后的责任承担方式。如果一方违反了协议约定，另一方有权根据协议要求对方承担相应的经济责任。这种责任承担方式在协议范围内是合法的。

我的观点：综上所述，公司对公司罚款的合法性主要取决于双方之间是否存在合法的合同约定或协议。在无明确约定或协议的情况下，一方无权对另一方进行罚款。因此，建议公司在与其他公司合作时，应明确约定双方的权利义务和责任承担方式，以避免因罚款问题而引发法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。