结论：员工在公司患上布病（布鲁氏菌病）后，上级部门是否会调查公司，取决于多种因素，包括公司是否存在违法行为、是否履行了相关法定义务以及当地卫生健康部门或劳动监察部门的判断等。以下从不同角度进行分析：
一、公司是否履行了相关法定义务
职业病防治义务：
- 根据《中华人民共和国职业病防治法》等相关法律法规，公司有义务为员工提供符合国家职业卫生标准和卫生要求的工作环境和条件，预防职业病的发生。
- 如果公司未能履行这一义务，如未提供必要的防护措施、未进行职业健康检查等，导致员工患上布病，那么公司可能面临行政处罚，且上级部门（如卫生健康部门或劳动监察部门）可能会对公司进行调查。
报告和告知义务：
- 公司发现员工患上职业病（包括布病）后，应及时向当地卫生健康部门报告，并告知员工本人及其家属。
- 如果公司未履行这一义务，同样可能面临行政处罚，并可能引发上级部门的调查。
二、公司是否存在违法行为
违法行为定义：
- 如果公司存在故意隐瞒职业病危害、未提供防护措施、未进行职业健康检查等违法行为，那么这些行为将成为上级部门调查的重点。
调查程序：
- 一旦上级部门接到关于公司违法行为的举报或发现公司存在违法行为，他们可能会启动调查程序，包括现场检查、询问相关人员、查阅相关文件等。
三、当地卫生健康部门或劳动监察部门的判断
部门职责：
- 当地卫生健康部门或劳动监察部门负责监督公司遵守职业病防治法律法规的情况，并有权对公司进行调查。
判断标准：
- 这些部门会根据公司的实际情况、员工的健康状况、公司的法定义务履行情况等因素，综合判断是否需要对公司进行调查。
四、建议与措施
公司应自查自纠：
- 公司应定期对工作环境进行职业病危害因素检测和评价，确保符合国家职业卫生标准和卫生要求。
- 公司应为员工提供必要的防护措施，并定期进行职业健康检查。
积极配合调查：
- 如果上级部门对公司进行调查，公司应积极配合，提供必要的文件和资料，如实回答询问。
寻求法律帮助：
- 如果公司面临调查或处罚，可以寻求专业律师的帮助，了解自身权利和义务，制定应对策略。
总结：员工在公司患上布病后，上级部门是否会调查公司取决于多种因素。公司应严格遵守职业病防治法律法规，履行相关法定义务，以预防职业病的发生。如果面临调查或处罚，公司应积极配合并寻求法律帮助。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的建议，请直接向我咨询。