针对您提出的“已离职员工退社税，如果已离职员工不配合怎么操作”的问题，这实际上涉及到离职后税务关系的解除以及员工不配合情况下的处理流程。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，离职员工与公司的税务关系（如办税员关联关系）应当在公司及时报告税务机关进行维护后解除。如果公司未及时处理，离职员工是有权自行申请解除的。
针对员工不配合的情况，您可以按照以下步骤操作：
收集离职证明资料：
- 作为公司方，您应首先确保拥有该员工的离职证明或其他可证明其已离职的资料。这是后续申请解除税务关系的重要依据。
登录税务系统或前往税务局：
- 使用公司税务账号登录当地电子税务局系统，或者前往税务局的办税服务厅。
申请解除税务关系：
- 在税务系统中，找到与离职员工相关的税务关系（如办税员关联关系）管理界面。
- 点击“解除关联”或类似按钮，进入解除原因选择框。
- 选择解除原因为“离职后原任职单位未及时报告税务机关维护”，并上传离职证明或其他可证明已离职的资料。
填写个人声明并提交：
- 在跳转的个人声明界面中，填写离职时间等相关信息。
- 确认无误后，点击“上传”按钮上传离职证明等资料。
- 点击“确定”按钮，提交解除税务关系的申请。
等待税务机关审核：
- 提交申请后，系统会提示“你申请的解除相关人员关联关系已提交成功，税务机关将在5个工作日内完成审核”。
- 您可进入“办税进度及结果信息查询”模块查看办理情况和进度。
额外建议：
与员工沟通：
- 在采取上述措施前，建议先与离职员工进行沟通，解释解除税务关系的必要性和流程，争取其配合。
- 如果员工因个人原因无法配合，您可以明确告知其公司已采取的措施和后续计划，以减少不必要的纠纷。
法律途径：
- 如果员工坚持不配合，且其行为已对公司造成实质性影响（如税务风险、法律责任等），您可以考虑通过法律途径解决，如咨询律师或申请劳动仲裁等。
综上所述，即使离职员工不配合，公司仍可以通过合法途径申请解除与其的税务关系。希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问，请随时咨询。