针对员工已经离职但不配合公司的情况，公司可以采取以下措施来妥善处理：
前置通知与明确责任
- 公司应向离职员工发送一份正式的书面通知，详细列明离职手续的具体内容，包括但不限于工作交接、公司财物的归还、人事及财务结算等关键步骤。
- 明确告知员工若逾期未办理可能面临的后果，如影响离职证明的开具、工资结算等，这是依据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的相关规定，确保双方权益。
积极沟通与协商
- 公司应主动与离职员工进行沟通，了解其不配合办理离职手续的具体原因。可能的原因包括误解、不满或某些实际困难。
- 通过耐心的沟通，尝试解决员工的疑虑和问题，共同寻求一个双方都能接受的解决方案。例如，针对工作交接任务繁重的情况，可适当延长交接时间；对工资结算存在异议的，及时进行核对和清晰解释。
依法进行薪资结算与开具离职证明
- 即便员工不配合离职手续，公司仍需依据《工资支付暂行规定》第九条，在劳动关系解除或终止时，一次性付清员工工资。
- 同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十九条，公司有义务在解除或终止劳动合同时为员工出具离职证明，该证明应包含劳动合同期限、解除或终止日期、工作岗位及在本单位的工作年限等关键信息。
固定证据与追究赔偿责任
- 如果员工不配合办理离职手续且因此给公司造成经济损失（如项目延误、公司机密泄露等），公司需及时收集和固定相关证据，包括书面文件、电子邮件、聊天记录及证人证言等。
- 在掌握充分证据的基础上，可与员工协商赔偿；协商不成时，则可通过法律途径追究其赔偿责任，此依据来源于《中华人民共和国劳动合同法》第九十条的相关规定。
完善规章制度与加强离职管理
- 为防止类似情况再次发生，公司应进一步完善规章制度，明确离职手续的办理流程、时间要求及违规处理措施，并将其纳入员工手册，确保每位员工都清晰了解。
- 在员工离职时，应与其签订离职协议，明确双方的权利与义务，特别是离职手续的办理要求。同时，建议要求员工提供紧急联系人信息，以便在必要时能及时取得联系。
在处理此类情况时，公司还需注意以下几点：
- 保持耐心与细心：尽量避免与员工产生冲突，通过和气的沟通与专业的处理，有效解决问题。
- 维护公司合法权益：在处理过程中，既要维护公司的合法权益，也要展现出人性化的一面，让员工感受到公司的关怀与理解。
- 及时咨询法律专业人士：如果公司在处理过程中遇到法律难题或不确定如何操作，应及时咨询法律专业人士，以确保处理方式的合法性和有效性。
最后，建议公司在日常管理中加强员工关系管理，提高员工满意度和忠诚度，从而减少离职不配合的情况发生。如果公司有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。