当员工不配合工作时，用人单位可以依法采取一系列措施来处理。以下是我根据相关法律法规和实际操作经验，为您提供的详细建议：
结论前置：用人单位应首先尝试与员工进行沟通，了解其不配合的原因，并寻求解决方案。若沟通无果，可根据公司合法有效的规章制度给予相应处理，包括警告、罚款等纪律措施。在员工行为严重违反劳动合同或规章制度，且对公司业务造成重大影响时，用人单位有权依法解除劳动合同。
详细分析：
沟通与了解：
- 首先，用人单位应尝试与员工进行面对面的沟通，了解其不配合工作的具体原因，是出于个人困难、对工作的不理解还是其他原因。
- 通过沟通，可以寻求双方都能接受的解决方案，如调整工作任务、提供必要的支持或培训等。
依据规章制度处理：
- 若沟通无果，用人单位可以根据公司合法有效的规章制度，对不配合工作的员工进行纪律处分。
- 处分措施应明确、合理，并遵循公平、公正的原则。常见的处分措施包括警告、罚款、降职降薪等。
- 在给予处分前，应确保规章制度的制定程序合法、内容合理，并已向员工公示。
依法解除劳动合同：
- 在员工行为严重违反劳动合同或规章制度，如无故拒绝执行工作任务、严重失职或营私舞弊等，且对公司业务造成实质性影响时，用人单位有权依法解除劳动合同。
- 解除劳动合同前，应确保所有操作符合法律法规，如提前通知工会、支付经济补偿金（如适用）等。
- 解除劳动合同后，用人单位应依法办理离职手续，并结清员工的工资、社保等费用。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条、第三十九条以及《中华人民共和国劳动法》第三条第二款等相关法律法规，均明确了用人单位与劳动者的权利与义务，以及用人单位在员工不配合工作时的处理权限。
实际操作建议：
- 在处理员工不配合工作的问题时，用人单位应保持冷静、理性，避免情绪化决策。
- 应确保所有处理措施均基于事实、合法合规，并遵循公平、公正的原则。
- 如遇复杂情况或法律争议，建议及时咨询专业律师或法律顾问，以确保处理的合法性和有效性。
综上所述，处理员工不配合工作的问题需综合考虑法律法规、公司规章制度以及实际情况，采取合理合法的措施进行应对。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。