当员工不配合工作时，用人单位应首先尝试通过沟通了解原因，并寻求解决方案。若沟通无果，可根据公司合法有效的规章制度给予相应处理，包括警告等纪律措施。在员工行为严重违反劳动合同或规章制度，且对公司业务造成重大影响时，用人单位有权依法解除劳动合同。以下是对此问题的详细分析：

1. 沟通与了解：

   • 用人单位应首先与员工进行深入沟通，了解员工不配合工作的具体原因，可能包括个人能力问题、工作态度问题、人际关系问题或外部因素干扰等。
   • 通过沟通，表达对员工的关心和尊重，明确工作要求和期望，确保双方对任务目标有一致的理解。

2. 依据规章制度处理：

   • 若沟通无果，用人单位可根据合法有效的规章制度给予员工相应的纪律处分，如警告、罚款等。
   • 确保规章制度的制定符合法律法规，且已向员工公示，以作为确定双方权利义务的依据。

3. 依法解除劳动合同：

   • 在员工行为严重违反劳动合同或规章制度，如无故拒绝执行工作任务、严重失职或营私舞弊等，且对公司业务造成实质性影响时，用人单位可依法解除劳动合同。
   • 解除劳动合同前，应确保所有操作符合法律法规，如提前通知工会等，以避免引发劳动争议。

4. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条、第三十九条规定了用人单位与劳动者的义务以及用人单位的解除权。
   • 《中华人民共和国劳动法》第三条第二款明确了劳动者的基本义务。
   • 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条确认了合法有效的规章制度可作为确定双方权利义务的依据。

综上所述，处理员工不配合工作的问题需综合考虑法律法规、公司规章制度以及实际情况，采取合理合法的措施进行应对。若您在此过程中遇到任何法律问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和支持。