结论：合同中约定未履行义务扣三万六千违约金是否合法，需结合具体情况判断，包括合同类型、违约情形、实际损失及违约金是否过分高于损失等因素。以下从不同角度详细分析：

一、违约金合法性的基本判断标准

根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”

1. 违约金约定原则：违约金是合同双方自愿约定的，用于约束合同履行并补偿违约损失。其合法性首先取决于双方是否自愿、平等地达成协议，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定。

2. 违约金调整机制：若违约金约定过高或过低，法院或仲裁机构有权根据实际损失情况进行调整。这体现了法律对违约金约定的合理干预，以防止一方利用优势地位设置不公平的违约金条款。

二、具体情境下的合法性分析

1. 合同类型与违约情形：

   • 不同合同类型（如买卖合同、租赁合同、服务合同等）对违约金的约定可能有所不同。需结合具体合同类型和违约情形（如迟延履行、不完全履行、根本违约等）来判断违约金的合理性。
   • 例如，在买卖合同中，若卖方迟延交货导致买方生产停滞，买方可能因此遭受较大损失。此时，合同中约定的较高违约金可能更为合理。

2. 实际损失与违约金比例：

   • 违约金的主要功能是补偿违约损失。因此，在判断违约金是否合法时，需考虑实际损失与违约金的比例关系。
   • 若违约金数额（如三万六千元）远高于实际损失，且违约方能提供充分证据证明这一点，则法院或仲裁机构可能根据请求对违约金进行适当减少。

3. 违约金是否过分高于损失：

   • 根据司法实践，若违约金超过实际损失的30%，一般可认定为“过分高于造成的损失”。但这一标准并非绝对，需结合具体案件情况综合判断。
   • 在本案中，若三万六千元违约金明显超过因违约造成的实际损失（如直接经济损失、可得利益损失等），且违约方提出调整请求，则法院或仲裁机构可能对违约金进行适当减少。

三、法律建议

1. 审查合同条款：在签订合同时，双方应仔细审查违约金条款，确保其合法、合理且符合双方利益。避免设置过高或过低的违约金，以免引发不必要的纠纷。

2. 保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留与违约相关的证据（如交货单、付款记录、沟通记录等），以便在发生纠纷时证明实际损失和违约情形。

3. 协商与调解：若发生违约纠纷，双方应首先尝试通过协商或调解解决争议。这有助于降低诉讼成本、维护合作关系并快速解决问题。

4. 寻求法律帮助：若协商或调解无果，双方可寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。律师将根据具体案件情况提供法律意见和诉讼策略。

如有具体合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。