结论：关于“违约合同下工资被扣除3000元是否合法”的问题，不能一概而论，需要结合具体情况和合同条款来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、合同条款的约定
合同中有明确约定：
- 如果劳动合同或相关协议中明确规定了，在员工违约的情况下，公司有权扣除一定金额的工资作为违约金或赔偿，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除3000元工资可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，以及服务期和竞业限制等条款，并可以约定在特定情况下劳动者需支付违约金。但需要注意的是，除服务期和竞业限制情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
合同中没有明确约定：
- 如果劳动合同或相关协议中没有明确规定违约情况下可以扣除工资，或者规定的扣除金额与实际情况不符，那么公司扣除3000元工资可能是不合法的。
二、扣除金额的合理性
扣除金额未超过实际损失：
- 即使合同中有约定扣除工资作为违约金或赔偿，但扣除的金额应当合理，不得超过公司因员工违约所遭受的实际损失。如果扣除的3000元超过了公司实际损失，那么这部分扣除可能是不合法的。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者在提供正常劳动的情况下，用人单位支付的工资不得低于当地最低工资标准。如果扣除3000元后，劳动者的工资低于最低工资标准，那么这种扣除也是不合法的。
三、公司的规章制度
规章制度合法有效：
- 如果公司有合法的规章制度，且该规章制度中明确规定了员工违约情况下可以扣除工资，且该规章制度已经向劳动者公示或告知，那么公司按照规章制度扣除工资可能是合法的。
规章制度违反法律法规：
- 如果公司的规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者未向劳动者公示或告知，那么该规章制度中的相关条款可能是无效的，公司据此扣除工资也可能是不合法的。
四、建议与行动
审查合同和规章制度：
- 建议你首先审查自己的劳动合同和公司的相关规章制度，了解其中关于违约和工资扣除的条款。
与公司沟通协商：
- 如果认为公司扣除工资的行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除工资的依据和理由，并尝试达成和解。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，你可以向我咨询，我会根据你的具体情况和合同条款，为你提供专业的法律意见和帮助。
总结：违约合同下工资被扣除3000元是否合法，需要结合合同条款、扣除金额的合理性、公司的规章制度以及相关法律法规进行综合判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。