结论前置：超市员工骨折40天后，在法律上是可以主动办理离职的，但具体操作和后续影响需根据实际情况和法律规定来细致考量。
详细分析：
离职的自主性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有权根据自己的意愿和实际情况，提前通知用人单位解除劳动合同。这意味着，无论员工是否受伤，只要符合法律规定的程序，员工都有权主动离职。
工伤期间的特殊考虑：
- 如果员工的骨折是在工作过程中发生的，且已经被认定为工伤，那么员工在工伤治疗期间享有相应的工伤待遇，包括医疗费、停工留薪期工资等。
- 在停工留薪期内，员工原则上不应被要求离职，因为这可能影响到其工伤待遇的享受。但员工主动提出离职的，法律并不禁止。
- 如果员工选择在工伤治疗期间离职，可能会影响到其后续的工伤赔偿和康复治疗等权益。因此，在做出决定前，员工应充分了解自己的权益和可能面临的后果。
离职程序：
- 员工主动离职应遵循法律规定的程序，如提前通知用人单位（通常为30日，试用期为3日），并办理离职手续等。
- 如果员工未按照法定程序离职，可能会面临用人单位的索赔或法律纠纷。
后续影响：
- 离职后，员工将不再享受原用人单位提供的工伤保险待遇。如果工伤复发或需要后续治疗，员工可能需要自行承担费用或通过其他途径寻求赔偿。
- 离职还可能影响员工的就业前景和职业发展。因此，在做出离职决定前，员工应充分考虑自己的职业规划和未来发展。
法律建议：
- 如果员工确实希望离职，建议先与用人单位进行沟通，了解离职的具体程序和可能的影响。
- 员工可以咨询专业的劳动法律师或劳动保障部门，以获取更详细的法律指导和建议。
- 在离职前，员工应确保自己的工伤待遇已经得到妥善处理，并保留好相关证据和文件，以备不时之需。
可能后果：
- 如果员工未按照法定程序离职或未妥善处理工伤待遇问题，可能会面临用人单位的索赔或法律纠纷。
- 离职后，员工可能需要自行承担工伤复发或后续治疗的费用，这可能会给员工带来经济压力。
总结与提醒：
超市员工骨折40天后可以主动办理离职，但需谨慎考虑离职的时机、程序和后续影响。在做出决定前，建议员工充分了解自己的权益和可能面临的后果，并咨询专业的劳动法律师以获取更详细的法律指导和建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。