结论：若公司规定自动离职三个月后，您可从以下方面维护自身权益，具体取决于公司“自动离职”规定的合法性及实际情况。

1. 判断公司“自动离职”规定的合法性
   • 若规定不合法：在我国劳动法律法规体系下，劳动关系的解除有着严格的规定和程序，公司单方面制定的“自动离职”规定，若未遵循法定程序和条件，很可能不具有法律效力。例如，公司仅以员工未按时打卡等轻微违纪行为，就依据所谓“自动离职”规定解除劳动关系，这显然违反了《劳动合同法》中关于用人单位解除劳动合同需具备法定事由和遵循法定程序的要求。在这种情况下，您有权要求公司继续履行劳动合同，恢复劳动关系；若您不想再继续在公司工作，也可以要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金，赔偿金的标准是按照您在公司的工作年限，每满一年支付两个月工资（工作年限六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付一个月工资）。
   • 若规定合法且您符合自动离职情形：如果公司的“自动离职”规定是经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且不违反国家法律法规的强制性规定，同时您确实存在符合该规定中自动离职的行为（如长期旷工且达到公司规定的天数等）。此时，公司依据规定处理在程序上可能是合法的，但您仍有一些权益可以关注。比如，您有权要求公司出具书面的解除劳动关系证明，以便您办理失业登记、领取失业保险金（如果符合领取条件）以及寻找新的工作。同时，您还可以要求公司结清未支付的工资、奖金、加班费等劳动报酬，以及按照规定办理社会保险和住房公积金的转移手续。
2. 收集证据 无论公司的“自动离职”规定是否合法，收集相关证据都是维护自身权益的关键。您可以收集以下证据：
   • 证明劳动关系的证据：如劳动合同、工作证、工资条、考勤记录、社保缴纳记录等，这些证据可以证明您与公司之间存在劳动关系以及您的工作年限、工资待遇等情况。
   • 证明公司规定及您情况的证据：如果公司有书面的“自动离职”规定，尽量获取该规定的文本；同时，收集能够证明您是否符合该规定中自动离职情形的证据，如考勤记录（证明您是否旷工）、工作交接记录（证明您是否完成了工作交接等）。
   • 与公司沟通的证据：包括与上级领导、人力资源部门的聊天记录、邮件、通话录音等，这些证据可以证明您与公司就离职事宜进行过沟通以及沟通的内容。
3. 与公司协商 在收集好证据后，您可以尝试与公司进行协商。以平和、理性的态度向公司说明您的诉求和依据，争取通过协商解决问题。例如，如果您认为公司的“自动离职”规定不合法，您可以向公司指出其违法之处，并要求公司给予相应的赔偿；如果您只是想结清劳动报酬和办理相关手续，也可以与公司协商具体的办理时间和方式。
4. 申请劳动仲裁 如果协商无法解决问题，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，您需要提交仲裁申请书、相关证据材料以及您的身份证明等。劳动争议仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述，依法作出裁决。如果您对仲裁裁决不服，还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。