结论：员工在公司任职但工资不在公司发放，公司仍然可以开具在职证明。以下是对此问题的详细分析：

一、在职证明的法律性质与开具条件

在职证明是公司出具的一份文件，用于证明员工与公司的劳动关系及在职状态。其开具并不直接依赖于工资的发放方式，而是基于员工与公司之间存在的实际劳动关系。因此，即使工资不是由公司直接发放，只要员工确实在公司任职，公司就有义务和权利为其开具在职证明。

二、工资发放方式与在职证明的关系

1. 工资发放方式的多样性：在实际操作中，工资的发放方式可能因公司政策、税务筹划、资金安排等多种因素而有所不同。例如，有些公司可能通过第三方支付平台、关联公司或个人账户发放工资，但这并不改变员工与公司之间的劳动关系。

2. 不影响在职证明的开具：工资发放方式的不同，并不影响公司为员工开具在职证明的义务。在职证明主要证明的是员工的在职状态，而非工资发放的具体方式。因此，无论工资是由公司直接发放还是通过其他方式发放，公司都应如实为员工开具在职证明。

三、开具在职证明的注意事项

1. 确保信息真实准确：公司在开具在职证明时，应确保所填写的内容真实、准确、完整，包括员工的姓名、身份证号码、职位、入职时间、在职状态等信息。

2. 遵守相关法律法规：公司在开具在职证明时，应遵守相关法律法规的规定，不得出具虚假证明或隐瞒重要事实。否则，可能面临法律责任和声誉损失。

3. 保护员工隐私：公司在开具在职证明时，应注意保护员工的隐私信息，避免泄露不必要的个人信息。

四、特殊情况说明

如果员工与公司之间存在劳动争议或纠纷，且争议焦点涉及工资发放问题，公司仍应基于事实情况为员工开具在职证明。在职证明的开具并不妨碍双方通过法律途径解决争议，也不影响公司对工资发放问题的合法主张。

建议：如果您作为员工或公司方，在开具或接收在职证明过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。