首先，需要明确的是，综合工时制度通常是为了适应某些行业或岗位的工作特点而设立的一种特殊工时制度。在综合工时制度下，员工的工作时间可能会在一定周期内（如周、月、季或年）进行灵活安排，但总体上应保证员工的工作时间和休息休假权益。

关于“综合工时超过3000小时怎么算”的问题，这实际上涉及到了对综合工时制度的理解和应用，以及可能产生的加班费用计算等问题。以下是对这一问题的详细解答：

1. 综合工时制度的本质：

   • 综合工时制度不是简单地将工作时间累加到一个固定数值（如3000小时），而是根据行业特点和岗位需求，在一个特定的周期内对工作时间进行灵活安排。
   • 在这个周期内，员工可能会有连续工作较长时间的情况，也可能会有休息日或调休的情况。

2. 超过标准工时的处理：

   • 在综合工时制度下，如果某个周期内员工的工作时间超过了法定的标准工时（通常是每日8小时，每周40小时，或根据当地法规有所调整），那么超出部分通常应被视为加班。
   • 加班费用的计算通常依据当地的劳动法规进行，可能包括加班费的标准、计算方式以及支付时间等。

3. 具体计算方法：

   • 首先，需要确定员工在综合工时周期内的总工作时间。
   • 然后，从这个总时间中扣除法定的标准工时，得到超出的工作时间。
   • 最后，根据当地的劳动法规，计算超出工作时间的加班费用。

4. 注意事项：

   • 不同的地区和行业可能有不同的劳动法规和综合工时制度规定，因此在具体计算时应参照当地的相关法规。
   • 企业应确保在实行综合工时制度时，员工的休息休假权益得到充分保障，避免过度加班和疲劳工作。

综上所述，对于“综合工时超过3000小时怎么算”的问题，关键在于理解综合工时制度的本质和当地劳动法规的具体规定，并据此进行加班费用的计算。如果你在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。