关于您提出的企业内部实行的绩效考核制度是否合法的问题，这确实是一个涉及员工切身利益且需要细致分析的问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，绩效考核制度本身是企业自主经营权的一部分，企业有权根据自身的生产经营特点和经济效益，制定适合本单位的绩效考核制度。然而，这一制度的制定和实施必须遵循相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。
一、绩效考核制度的合法性基础
劳动合同与规章制度：绩效考核制度应当明确写入劳动合同或企业规章制度中，并经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的重要前提。
公示与告知：绩效考核制度在实施前，必须经过公示程序，并告知员工本人，通常这一告知会在劳动合同中明确体现。员工有权了解并确认绩效考核的具体标准和程序。
二、绩效考核制度实施中的合法性要求
客观公允：绩效考核应当根据员工的工作表现和工作业绩做出客观公允的认定。考核结果应当公平、合理、科学，避免主观臆断和恶意考核。
不能随意扣除绩效工资：如果劳动合同或企业规章制度中明确约定了绩效工资，那么公司通过绩效考核扣除绩效工资是合理合法的，但必须满足以下条件：
不能仅因考核末位解除劳动关系：我国法律并未允许用人单位仅因劳动者的业绩表现在单位考核中居于末尾，就直接解除劳动关系。如果用人单位以此为由解除劳动关系，则构成违法解除。
三、建议与注意事项
细化考核标准：为了防范纠纷的发生，建议用人单位对于考核的岗位、工作职责、程序、淘汰形式等要求细化、量化，明确不能胜任工作的具体标准。
充分征求员工意见：在制定绩效考核制度时，应当充分征求员工的意见，确保制度的合理性和可接受性。
依法行使解除权：对于确实不能胜任工作而居于考核末位者，用人单位可以在履行法定程序后，依法行使解除权，如提前通知、支付经济补偿等。
综上所述，企业内部实行的绩效考核制度在合法性上主要取决于其是否遵循了相关法律法规，是否确保了员工的合法权益不受侵害。如果企业在制定和实施绩效考核制度时能够遵循上述原则和要求，那么该制度就是合法的。如果您在具体实施过程中遇到任何问题或疑虑，建议咨询专业的法律人士或劳动仲裁机构以获取更具体的指导。