结论：休年假时公司只按最低工资算是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，若年假期间公司正常支付工资且不低于劳动合同约定标准，则合法；若仅按最低工资支付且低于劳动合同约定，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、年假期间工资支付的一般原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在依法享受带薪年休假期间，用人单位应按劳动合同约定的标准支付劳动者工资。这意味着，年假期间的工资支付应遵循劳动合同中的约定，而非简单地按最低工资标准支付。
二、不同情况下的工资支付标准
劳动合同有明确约定：
- 若劳动合同中明确规定了年假期间的工资支付标准，且该标准不低于当地最低工资标准，则公司应按此标准支付。
- 例子：劳动合同约定年假期间工资为正常工资的100%，即若月工资为5000元，年假期间也应支付5000元。
劳动合同无明确约定或约定不明确：
- 若劳动合同未明确约定年假期间的工资支付标准，或约定不明确，则公司应按劳动者正常工作期间的工资支付，即通常理解为全额工资。
- 在此情况下，若公司仅按最低工资标准支付，则可能构成违法，因为最低工资标准通常低于劳动者的正常工资水平。
特殊情况下的工资支付：
- 若劳动者在年假期间提供了正常劳动（如加班或从事其他工作），则公司应按劳动合同约定的加班工资标准或实际工作情况支付工资。
- 若因公司原因导致劳动者无法享受完整的年假（如公司安排的工作任务与年假冲突），则公司应支付相应的工资补偿，且补偿标准应不低于劳动合同约定的标准。
三、劳动者维权途径
- 与公司协商：首先，劳动者可以与公司协商，要求公司按劳动合同约定的标准支付年假期间的工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
- 若公司未按劳动合同约定的标准支付年假期间的工资，且经劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会认定违法，则公司可能面临支付拖欠工资、加付赔偿金等法律后果。
- 计算公式（若需支付赔偿金）：赔偿金 = 拖欠工资金额 × 50%（至）1倍（具体比例根据当地规定和案件情况确定）。
建议：劳动者在享受年假前，应仔细阅读劳动合同中的相关条款，了解年假期间的工资支付标准。若发现公司未按约定支付工资，应及时与公司沟通并保留相关证据（如工资条、劳动合同等），以便在必要时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。