针对您公司目前的情况，即承包到期后与乙方达成收回经营权协议但乙方不配合交接，我建议从以下几个法律角度和实际操作层面来处理：
审查协议条款：
- 首先，仔细审查您与乙方签订的收回经营权协议，特别是关于交接程序、时间、责任划分以及违约责任等条款。
- 如果协议中有明确规定乙方不配合交接的违约责任，如罚款、赔偿损失等，您可以依据这些条款向乙方主张权利。
发送正式通知：
- 在确认协议条款后，向乙方发送一份正式的书面通知，明确要求其按照协议约定进行交接，并设定一个合理的最后期限。
- 通知中应明确指出，如果乙方在规定期限内仍未配合交接，您将采取法律手段维护自身权益。
协商与调解：
- 在发送通知后，尝试与乙方进行进一步的协商，了解其不配合的具体原因，看是否能够通过友好协商解决争议。
- 如果协商无果，可以考虑邀请第三方（如行业协会、调解机构等）进行调解，以促成双方达成和解。
法律诉讼：
- 如果协商和调解均无法解决问题，您可以考虑向法院提起诉讼，要求乙方履行交接义务，并承担违约责任。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明乙方不配合交接的事实，以及您因此遭受的损失。
- 法院将根据事实和法律规定作出判决，要求乙方履行交接义务并赔偿损失。
申请强制执行：
- 如果乙方在判决生效后仍不履行交接义务，您可以向法院申请强制执行。
- 法院将采取必要的措施（如查封、扣押、拍卖等）来强制乙方履行义务，并确保您的合法权益得到实现。
在处理此类纠纷时，还需要注意以下几点：
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有与乙方沟通、协商以及发送通知的证据，以备不时之需。
- 及时行动：一旦发现乙方不配合交接，应尽快采取行动，避免拖延导致损失扩大。
- 专业咨询：在处理此类复杂纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保护。
最后，我想强调的是，每个案件都有其独特性，因此在实际操作中需要根据具体情况灵活应对。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。