税务稽查案件超过五年不再进行处罚的起算点，通常是以“违法行为发生之日”为基准进行判断，而非单纯以立案之日或收到上游虚开发票之日为准，但具体需结合案件类型和法律规定综合分析。以下是详细说明：

1. 一般原则：违法行为发生之日为起算点
   根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十六条，违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为，在五年内未被发现的，不再给予行政处罚。这里的“五年”期限，原则上以违法行为实际发生之日起算。例如：

   • 若企业通过虚开发票偷税，违法行为发生日为虚开发票并用于抵扣税款的日期；
     
   • 若企业未按规定申报纳税，违法行为发生日为法定申报期限届满的次日。
     

2. 特殊情形：连续或继续状态行为的起算点
   若违法行为处于连续状态（如长期虚开发票）或继续状态（如长期未申报纳税），则五年期限从行为终了之日起计算。例如：

   • 企业持续三年虚开发票，则五年期限从最后一张虚开发票的日期起算；
     
   • 企业长期未申报纳税，则五年期限从税务机关发现或应当发现未申报行为的日期起算（需结合具体证据判断）。
     

3. 立案之日或收到发票之日是否影响起算点？

   • 立案之日：税务机关立案调查本身不直接决定五年期限的起算点，但若立案时已超过五年，则可能不再处罚（除非能证明违法行为在五年内已被发现）。
     
   • 收到上游虚开发票之日：若企业不知情且无过错（如善意取得虚开发票），则可能不构成违法行为，无需讨论处罚期限；若企业明知或应知虚开仍取得发票，则违法行为发生日为取得发票并用于抵扣的日期，而非收到发票的日期。
     

4. 实务建议

   • 企业自查：若涉及虚开发票或偷税问题，应尽快梳理相关业务的实际发生时间、抵扣时间等关键节点，评估是否已超过五年处罚期限。
     
   • 税务沟通：若税务机关拟处罚，企业可结合具体证据（如合同、付款记录、发票流等）主张违法行为发生日或行为终了日，争取免于处罚。
     
   • 法律救济：若对处罚决定有异议，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，由法院或复议机关最终认定五年期限的起算点。
     

总结：五年处罚期限的起算点需以违法行为实际发生或终了之日为准，立案或收到发票日期仅作为参考。具体案件需结合证据和法律规定综合判断，建议根据实际情况进一步分析。