针对您提出的“虚开增值税专用发票税额5万以上50万以下的，5年后立案怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确虚开增值税专用发票罪的立案标准。根据最新发布的法律法规，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，如果虚开的税款数额在十万元以上，即达到立案追诉的标准。对于您提到的税额在5万以上50万以下的情况，如果这一行为发生在最新的法律规定生效之后，并且没有其他严重情节，那么它本身可能并不直接满足立案追诉的数额标准。
然而，有几个关键点需要注意：
时间节点与法律适用：您提到的“5年后立案”可能涉及法律适用的时间节点问题。如果虚开行为发生在旧的法律规定有效期内，而立案发生在新的法律规定生效后，那么需要根据“从旧兼从轻”的原则来确定适用的法律。但一般来说，新的法律规定会更严格，因此不太可能降低立案标准。
其他严重情节：除了明确的数额标准外，若虚开增值税专用发票的行为具有其他严重情节，如多次虚开、手段特别恶劣、社会影响极坏等，也可能导致立案追诉。这意味着，即使税额未达到十万元，但如果存在其他严重情节，仍然有可能被立案追诉。
法律后果：一旦立案，公安机关将依法进行立案侦查，并可能进一步导致法院的审判和刑事处罚。根据最新的法律规定，虚开增值税专用发票罪的量刑标准是根据犯罪情节的轻重来确定的，包括有期徒刑、拘役以及罚金等。
特殊规定：值得注意的是，最新的司法解释（法释〔2024〕4号）对于虚开增值税专用发票的行为有了更具体的规定。例如，它明确了哪些行为属于“虚开增值税专用发票”，以及如何认定“其他严重情节”和“其他特别严重情节”。这些规定对于理解和判断您的具体情况非常重要。
综上所述，对于您提到的“虚开增值税专用发票税额5万以上50万以下的，5年后立案怎么办”的问题，首先需要确定虚开行为发生的时间节点以及适用的法律规定。如果行为发生在新的法律规定生效后，并且没有其他严重情节，那么可能并不直接满足立案追诉的数额标准。但无论如何，一旦涉及虚开增值税专用发票等违法行为，都应及时咨询专业律师并积极配合相关部门的调查和处理。