对于疑似发票虚开的企业，税务机关会进行税务稽查立案，并根据调查结果依法处理。具体处理方式如下：

1. 税务稽查立案的条件与程序
   税务机关在发现企业存在疑似发票虚开行为时，会依据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，启动税务稽查程序。立案条件通常包括：

   • 存在明确的虚开发票线索（如发票金额、数量与实际经营不符）；
     
   • 通过大数据比对、上下游企业协查等手段发现异常；
     
   • 接到举报或通过其他渠道获取可靠信息。
     立案后，税务机关会组成专项稽查组，通过调取账簿、询问相关人员、实地核查等方式收集证据。

2. 处理方式与法律后果
   根据调查结果，税务机关会区分不同情形处理：

   • 若查实虚开：
     
     • 追缴税款：要求企业补缴因虚开发票少缴的增值税、企业所得税等税款；
       
     • 滞纳金与罚款：按日加收滞纳金（万分之五），并处以0.5倍至5倍罚款；
       
     • 移送司法机关：若虚开税款数额较大（如虚开税额超过10万元）或造成严重后果，可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”，企业直接责任人可能面临刑事处罚（三年以下有期徒刑至无期徒刑）。
       
   • 若证据不足或情节轻微：
     
     • 税务机关可能作出“不予行政处罚”决定，但会要求企业限期整改，并加强后续监管；
       
     • 若企业主动配合调查、补缴税款，可能从轻或减轻处罚。

3. 企业的应对建议

   • 自查自纠：发现疑似问题后，立即梳理发票流、资金流、货物流是否一致，主动向税务机关说明情况；
     
   • 配合调查：及时提供完整账簿、合同等资料，避免因隐瞒或伪造证据加重处罚；
     
   • 法律救济：若对税务处理决定不服，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉。

提示：发票虚开风险极高，企业务必严格遵守《发票管理办法》，确保业务真实、发票合规。如有具体案件或细节需要分析，可直接向我咨询。