虚开发票案件在刑事不起诉后，税务稽查部门仍有可能重新立案，但需满足特定条件。以下从不同角度进行分析：

1. 刑事不起诉与税务行政处理的独立性
   刑事不起诉仅表明案件未达到刑事追诉标准，或证据不足、情节轻微，但税务稽查部门仍可依据《税收征收管理法》《发票管理办法》等行政法规，对虚开发票行为进行行政调查。若发现存在偷逃税款、损害国家税收利益等行政违法行为，税务机关有权独立立案并作出行政处罚（如罚款、没收违法所得、加收滞纳金等）。

2. 重新立案的常见情形

   • 新证据出现：若刑事不起诉后，税务稽查过程中发现新的证据（如资金回流记录、虚假合同等），证明虚开发票行为存在或情节严重，可能重新启动调查程序。
     
   • 行政违法性独立：即使刑事层面不构成犯罪，但虚开发票行为若违反《发票管理办法》第22条（如为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票），税务机关可直接按行政案件处理。
     
   • 涉税金额未达刑事标准：若虚开发票金额未达到刑法规定的“数额较大”（如虚开税款数额10万元以上），但符合行政处罚标准（如虚开金额1万元以上），税务机关可立案处罚。

3. 程序衔接与法律后果

   • “行刑衔接”机制：根据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，税务机关在查处案件时发现涉嫌犯罪的，应移送公安机关；但若公安机关不予立案或检察院不起诉，税务机关可依法作出行政处理。
     
   • “一事不再罚”原则的限制：若同一行为已被刑事处罚（如罚金），税务机关一般不再重复罚款，但可追缴税款、加收滞纳金等。若刑事未处罚，行政处罚不受此限制。

建议：若您或您的企业涉及虚开发票问题，即使刑事未起诉，也应主动配合税务稽查，及时补缴税款、整改合规，以降低行政处罚风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。