结论：工资扣除40元是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合法扣除的情况：

   • 法定扣除：根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，用人单位可以依法代扣劳动者工资，如个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。若扣除的40元属于这些法定扣除项目，且扣除金额未超出法定比例或限额，则是合法的。
   • 约定扣除：如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了某些情况下可以扣除工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定扣除工资也是合法的。例如，双方约定因劳动者原因造成公司损失时，可以从工资中扣除一定金额作为赔偿，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若扣除的40元符合此类约定，且未超出法定限制，则是合法的。

2. 违法扣除的情况：

   • 无合法依据扣除：如果用人单位扣除工资没有法律依据或合同约定，或者扣除的理由不成立（如以罚款名义扣除工资，但并非因劳动者违反规章制度或造成公司损失等合法原因），则属于违法扣除。
   • 超出法定比例或限额扣除：即使扣除工资有合法依据，但如果扣除的金额超出了法定比例或限额（如上述提到的赔偿扣除不得超过当月工资的20%），也是违法的。
   • 扣除后工资低于最低工资标准：根据《劳动法》的规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果扣除40元后，劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除也是违法的。

法律建议：

• 如果您认为工资被违法扣除，首先应当与用人单位进行沟通，了解扣除的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如工资条、劳动合同、扣除通知等，以便在需要时提供证明。

可能法律后果：

• 如果用人单位违法扣除工资，除了需要补发被扣除的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
• 在劳动仲裁或诉讼中，如果用人单位被认定违法扣除工资，还可能需要支付赔偿金给劳动者。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。