调休三个月过期是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果调休是基于劳动合同或公司规章制度的约定：
- 一般来说，劳动合同或公司规章制度中会明确调休的有效期或使用规则。如果调休三个月过期，但这一规定并未违反法律法规的强制性规定，且员工在签订劳动合同时或公司制定规章制度时已经知晓并同意，那么这种规定通常是有效的。
- 但需注意，如果调休过期导致员工无法享受应有的休息权益，且公司无法提供合理的解释或补偿，那么这种做法可能涉嫌侵犯员工的合法权益，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
如果调休是公司单方面决定且未与员工协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有休息休假的权利。如果公司单方面决定调休并设置过期时间，且未与员工进行充分协商或未得到员工的同意，那么这种做法可能违反了劳动法的规定。
- 在这种情况下，员工有权拒绝公司的调休安排，并要求公司按照正常的工作时间安排工作。如果公司因此对员工进行处罚或解除劳动合同，员工可以依法维护自己的权益。
关于调休过期的具体法律后果：
- 如果调休过期导致员工无法享受休息权益，且公司无法提供合理的补偿或解决方案，员工可以向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为并赔偿损失。
- 员工也可以选择申请劳动仲裁，通过法律途径解决争议。在劳动仲裁过程中，员工需要提供相关证据证明公司的违法行为以及自己因此遭受的损失。
建议：
- 对于员工而言，如果遇到调休过期的问题，首先应当与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 如果沟通无果，员工可以保留相关证据（如劳动合同、公司规章制度、调休通知等），并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应当制定合理的调休制度，并确保与员工进行充分协商和沟通。同时，公司也应当尊重员工的休息权益，避免设置不合理的调休过期时间。
最后，如果你在调休或劳动权益方面遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。