调休时长三个月过期是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：

1. 公司规章制度的角度

• 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了调休的有效期，且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者进行了公示或告知，那么该制度对劳动者具有约束力。在这种情况下，如果调休时长在三个月内未使用完毕即过期，且符合公司规章制度的规定，那么这种做法是合法的。
• 不合法情形：如果公司的规章制度中未明确规定调休的有效期，或者虽然规定了但未经民主程序制定、未向劳动者公示或告知，那么该制度对劳动者不具有约束力。此时，公司单方面规定调休时长三个月过期，可能构成对劳动者权益的侵害，是不合法的。

2. 劳动合同约定的角度

• 合法情形：如果劳动合同中明确约定了调休的有效期，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定对双方均具有约束力。在这种情况下，调休时长三个月过期且符合劳动合同的约定，是合法的。
• 不合法情形：如果劳动合同中未约定调休的有效期，或者约定的有效期过短（如明显短于合理期限），且公司无法提供合理理由支持其约定，那么该约定可能因显失公平或违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。此时，公司单方面规定调休时长三个月过期，是不合法的。

3. 法律法规的角度

• 目前法律法规：目前，我国法律法规并未对调休的有效期作出具体规定。因此，调休的有效期主要由公司规章制度或劳动合同约定来确定。但是，这并不意味着公司可以随意规定调休的有效期。公司在制定规章制度或签订劳动合同时，应当遵循公平、合理、合法的原则，不得侵害劳动者的合法权益。
• 合理性判断：即使公司规章制度或劳动合同中规定了调休的有效期，如果该期限过短（如三个月），且公司无法提供合理理由支持其规定，那么该规定可能因缺乏合理性而被认定为无效。因为调休是劳动者因工作原因无法享受正常休息时间而获得的补偿，公司应当给予劳动者合理的期限来使用调休。

4. 实际操作建议

• 对于劳动者：如果公司规定调休时长三个月过期，且你认为该规定不合理或侵犯了你的权益，你可以与公司进行协商，要求延长调休的有效期或采取其他补偿措施。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司：公司在制定规章制度或签订劳动合同时，应当充分考虑劳动者的权益和合理性原则，避免规定过短的调休有效期。如果确实需要规定有效期，应当向劳动者进行充分说明和公示，并确保该规定不违反法律法规的强制性规定。

总结来说，调休时长三个月过期是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同约定以及法律法规的合理性判断来综合分析。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。