针对您提出的问题，即“员工专升本的学历入职三年后，用工单位以学历不达标为由拒绝续签是否合法”，我们需要从多个角度进行详细分析。

首先，我们要明确的是，员工在入职时提供的学历信息是真实且有效的，这是构建劳动关系的基础。在您描述的情况中，员工已经通过专升本的方式获得了更高的学历，并且这一学历在入职时是被用工单位所接受的。因此，从入职时的角度来看，员工的学历是符合用工单位要求的。

接下来，我们考虑用工单位在员工入职三年后以学历不达标为由拒绝续签的情况。这里涉及到几个关键点：

1. 劳动合同的约定：我们需要查看劳动合同中是否有关于学历要求的明确条款，以及这些条款是否规定了学历要求在合同期限内的有效性。如果合同中没有明确规定学历要求在合同期满后仍然有效，或者没有规定用工单位可以因学历问题拒绝续签，那么用工单位的做法可能缺乏合同依据。

2. 用工单位的规章制度：除了劳动合同外，我们还需要考虑用工单位的规章制度。如果规章制度中明确规定了学历要求，并且规定了因学历不达标可以拒绝续签的情况，那么我们需要进一步分析这些规章制度是否合法、合理，并且是否已经向员工进行了充分的告知和解释。

3. 诚信原则和公平原则：在劳动关系中，诚信原则和公平原则是非常重要的。如果员工在入职时提供的学历信息是真实的，并且在入职后的三年中一直按照合同约定履行自己的义务，那么用工单位在合同期满后以学历不达标为由拒绝续签，可能违反了诚信原则和公平原则。

4. 相关法律法规：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除劳动合同时需要遵循法定程序和条件。如果用工单位无法提供充分的证据证明员工存在违反合同或规章制度的行为，或者无法证明其拒绝续签的决定是合法、合理的，那么其做法可能构成违法解除劳动合同。

综合以上分析，我们可以得出以下结论：

• 如果劳动合同中没有明确规定学历要求在合同期满后仍然有效，或者用工单位的规章制度中缺乏相关规定，或者用工单位无法提供充分的证据证明其拒绝续签的决定是合法、合理的，那么用工单位以学历不达标为由拒绝续签的做法可能缺乏法律依据和合同依据。
• 在这种情况下，员工有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求用工单位继续履行劳动合同或支付相应的经济补偿。

因此，建议您在面对这种情况时，首先仔细审查劳动合同和用工单位的规章制度，了解自己的权益和义务。如果认为用工单位的做法缺乏法律依据和合同依据，可以及时向相关部门寻求帮助并维护自己的合法权益。