结论概述：针对您提出的问题，员工入职时声称本科学历但未提交证件，导致合同签订延误，离职后仲裁发现其实际为专科学历，这一情况主要涉及劳动合同的效力、员工欺诈行为的法律后果以及用人单位的应对措施。以下是从不同角度对此问题的详细分析。
一、劳动合同的效力
合同签订前的信息核实：
- 用人单位在招聘过程中，有义务对员工的学历等关键信息进行核实。若员工提供虚假信息，而用人单位未尽到合理的审查义务，可能在一定程度上影响对员工欺诈行为的认定及后续处理。
- 在本案例中，员工未提交学历证件，用人单位应主动要求其提供或进行核实，以避免后续纠纷。
劳动合同的成立与生效：
- 劳动合同的成立通常要求双方意思表示真实、一致，且内容不违反法律法规的强制性规定。
- 若员工在入职时故意隐瞒真实学历，提供虚假信息，可能构成欺诈，影响劳动合同的效力。根据《劳动合同法》的相关规定，以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，劳动合同无效或者部分无效。
二、员工欺诈行为的法律后果
劳动合同无效的处理：
- 若经仲裁或诉讼确认员工存在欺诈行为，导致劳动合同无效，用人单位可以依据《劳动合同法》的规定，与员工解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
- 同时，用人单位有权要求员工赔偿因欺诈行为给用人单位造成的损失，如招聘费用、培训费用等。
员工可能面临的法律责任：
- 员工提供虚假学历信息，不仅可能面临劳动合同无效的后果，还可能因欺诈行为受到行政处罚或刑事处罚（若情节严重，构成犯罪）。
三、用人单位的应对措施
完善招聘流程：
- 用人单位应完善招聘流程，加强对员工学历等关键信息的核实工作，如要求员工提供学历证书原件及复印件，并通过学信网等官方渠道进行验证。
- 在劳动合同中明确约定员工提供虚假信息的法律后果，以起到威慑作用。
及时处理纠纷：
- 一旦发现员工存在欺诈行为，用人单位应及时与员工沟通，了解情况，并依据法律法规和劳动合同的约定进行处理。
- 若无法协商解决，用人单位可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
保留证据：
- 在处理此类纠纷时，用人单位应保留好相关证据，如招聘广告、员工简历、学历证书复印件、沟通记录等，以便在仲裁或诉讼中证明自己的主张。
四、特殊情况考虑
- 若用人单位未尽到审查义务：若用人单位在招聘过程中未对员工学历进行核实，导致员工欺诈行为得逞，用人单位在后续处理中可能面临一定的法律风险。因此，用人单位应加强内部管理，完善招聘流程，以降低此类风险。
行动建议：针对您当前的情况，我建议您首先收集并整理好相关证据，如招聘广告、员工简历、学历证书复印件（如有）、沟通记录等。然后，您可以与员工进行沟通，了解其真实想法和态度。若无法协商解决，您可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。在处理过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。