针对您提出的问题，即“项目停工三年，项目经理第二年离职，但项目未办理项目经理变更手续，现在如何处理”，我们可以从以下几个角度进行分析：

1. 项目经理离职后的法律责任与义务：

   • 项目经理在离职后，原则上不再承担原项目的直接管理责任。然而，如果离职时未完成必要的交接手续，包括项目经理变更手续，这可能会给项目后续管理带来一定的法律风险和责任归属问题。
   • 从法律角度讲，项目经理有义务确保其离职不会给项目造成不利影响，包括及时办理相关变更手续。若因未办理变更手续导致项目出现法律纠纷或损失，原项目经理可能需承担一定的法律责任，具体取决于未办理变更手续与损失之间的因果关系及过错程度。

2. 项目未办理项目经理变更手续的影响：

   • 未办理项目经理变更手续可能导致项目在法律上的管理主体不明确，影响项目的正常运营和后续法律事务的处理，如合同签署、工程款结算、质量责任追究等。
   • 在项目停工的情况下，未办理变更手续可能进一步加剧项目的不确定性，增加复工或项目转让的难度。

3. 当前应采取的措施：

   • 尽快办理项目经理变更手续：项目方应尽快与原项目经理沟通，要求其配合办理项目经理变更手续，明确新的项目管理主体。这是解决当前问题的首要步骤。
   • 评估法律风险与责任：在办理变更手续的同时，项目方应评估因未办理变更手续可能带来的法律风险与责任，并考虑采取必要的法律措施进行防范和应对。
   • 完善项目管理制度：为避免类似情况再次发生，项目方应完善项目管理制度，明确项目经理的职责、离职流程及交接要求，确保项目管理的连续性和稳定性。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果原项目经理拒绝配合办理变更手续，项目方可以考虑通过法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁，要求原项目经理履行配合义务。
   • 在项目停工且长期无法复工的情况下，项目方还应考虑项目的整体处置方案，包括项目转让、清算或破产等，以最大限度减少损失。

总结与建议：

• 首要任务是尽快与原项目经理沟通并办理项目经理变更手续，以明确项目管理主体，降低法律风险。
• 同时，项目方应评估因未办理变更手续可能带来的法律风险与责任，并采取必要的法律措施进行防范和应对。
• 长远来看，项目方应完善项目管理制度，确保项目管理的连续性和稳定性，避免类似情况再次发生。

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