结论：项目停工4年后开工变更项目经理是否扣钱，需根据劳动合同、公司规章制度及变更原因综合判断，无法直接给出是否扣钱的结论。以下从不同角度进行分析：

一、劳动合同约定

1. 劳动合同内容：首先需查看项目经理与公司签订的劳动合同中，是否对项目经理的变更、离职、薪酬调整等事项有明确约定。如果合同中有明确规定，在变更项目经理时，公司应遵循合同约定执行。
2. 合同履行情况：若劳动合同中未明确规定变更项目经理需扣钱，或规定不明确，则公司不能仅凭变更项目经理这一行为就扣减项目经理的薪酬。

二、公司规章制度

1. 规章制度内容：公司可能制定了内部规章制度，对项目经理的变更、离职、薪酬调整等事项进行规范。这些规章制度需经过民主程序制定，且内容合法合规，才能作为处理相关问题的依据。
2. 规章制度执行：如果公司规章制度中明确规定了变更项目经理需扣钱，且该规定合法合规，那么在变更项目经理时，公司有权按照规章制度执行。但需注意，公司应确保项目经理在变更前已知晓并同意该规章制度。

三、变更原因及合理性

1. 变更原因：项目经理的变更可能由多种原因引起，如项目经理个人原因离职、公司业务调整、项目需求变化等。不同原因可能导致不同的法律后果。
2. 合理性判断：如果变更项目经理是出于公司正常业务调整或项目需求变化，且公司已按照劳动合同和规章制度履行了相关手续，那么扣减项目经理薪酬可能缺乏合理性。但如果项目经理因个人原因离职，且给公司造成了损失，公司可能有权根据劳动合同或规章制度要求项目经理承担相应责任，但这并不意味着可以直接扣减其薪酬。

四、法律建议

1. 审查合同与制度：建议项目经理在变更前仔细审查劳动合同和公司规章制度，了解自己的权利和义务。
2. 沟通协商：如果公司提出扣减薪酬的要求，项目经理应与公司进行沟通协商，了解扣减的具体原因和依据。
3. 寻求法律援助：如果项目经理认为公司的扣减行为缺乏合法依据或合理性，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

后续行动建议：如果您作为项目经理面临此类情况，且对公司的扣减行为存在疑问或不满，建议您直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。