结论：迟到3分钟扣20元是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及是否违反法律法规等。若公司规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规，则可能是合法的；若没有规定或规定违法，则不合法。若公司不给应得的工资或进行非法扣款，你可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。

分析说明：

1. 公司规章制度与劳动合同：

   • 合法性依据：根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，公司有权制定规章制度来管理员工，包括考勤和奖惩制度。但是，这些规章制度必须合法、合理，并且需要经过民主程序制定，向员工公示或告知。
   • 具体应用：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了迟到扣款的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照该条款扣款可能是合法的。

2. 扣款金额的合理性：

   • 合理性判断：即使公司规章制度或劳动合同中有迟到扣款的条款，扣款金额也需要合理。迟到3分钟扣20元，这个金额是否合理，需要根据公司的实际情况、员工的工资水平以及迟到对工作的影响程度等因素来综合判断。
   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

3. 公司不给应得工资或非法扣款的处理方式：

   • 协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，说明情况，要求公司按照规章制度或劳动合同的约定支付应得的工资，或者撤销非法的扣款。
   • 投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并处理。
   • 劳动仲裁：如果投诉也没有结果，你可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。

行动建议：

• 审查规章制度与劳动合同：首先，你需要仔细审查公司的规章制度和你的劳动合同，看看是否有关于迟到扣款的明确规定。
• 与公司沟通：如果发现有相关规定，但你认为扣款金额不合理或公司未按照规定执行，你可以与公司进行沟通，表达你的意见和诉求。
• 寻求法律援助：如果沟通无果，你可以考虑寻求法律援助，比如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在这个过程中，你可以咨询我，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。