结论：迟到2分钟扣20元是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断，主要包括公司规章制度是否合法、劳动合同是否有约定以及扣款是否合理等几个方面。
分析：
公司规章制度是否合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，并且该规章制度已经按照上述程序制定并公示，那么该条款在合法范围内对劳动者具有约束力。但即便如此，扣款金额也需合理，不能违反法律法规的强制性规定。
劳动合同是否有约定：
- 如果劳动合同中明确约定了迟到扣款的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款对双方均具有约束力。劳动者迟到，用人单位有权按照合同约定进行扣款。
扣款是否合理：
- 即便公司规章制度或劳动合同中有迟到扣款的条款，扣款金额也需合理。一般来说，扣款金额不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果迟到2分钟扣20元，对于某些低收入劳动者来说，可能构成不合理扣款。
- 此外，如果迟到行为并未给用人单位造成实际损失，或者损失远小于扣款金额，那么扣款行为也可能被视为不合理。
建议：
- 对于劳动者：如果认为公司的迟到扣款行为不合理或违法，可以先与公司协商解决。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：在制定规章制度或劳动合同条款时，应确保条款的合法性和合理性。迟到扣款可以作为管理手段之一，但应适度且合理，避免引发劳动争议。
举例：
- 假设某公司规章制度中规定：“员工迟到每次扣款50元。”但该规定未经职工代表大会讨论通过，也未公示。此时，该规定对劳动者不具有约束力，公司不能以此为由对劳动者进行扣款。
- 假设某劳动合同中约定：“员工迟到每次扣款20元。”但该员工月工资仅为2000元，扣除20元后剩余工资仍高于当地最低工资标准，且迟到行为确实给公司造成了一定损失（如影响了工作进度）。此时，该扣款条款可能被视为合理。
总结：迟到2分钟扣20元是否违法，需结合公司规章制度、劳动合同以及扣款合理性等多个方面进行综合判断。如有疑问或争议，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门。