结论：上班一小时12元，迟到二十分钟扣款30元是否违法，需结合具体情况判断，若扣款后实际工资低于当地最低工资标准，或扣款比例不合理，则可能违法。以下从不同角度进行分析：
一、从扣款后工资是否低于最低工资标准角度分析
根据《最低工资规定》第十二条，在劳动者提供正常劳动的情况下，用人单位应支付给劳动者的工资在剔除下列各项以后，不得低于当地最低工资标准：
举例与计算： 假设当地最低工资标准为每小时15元，劳动者正常工作一小时应得12元（但此工资本身已低于最低工资标准，不过我们暂先以此为前提分析扣款情况），若迟到二十分钟扣款30元，则劳动者实际工作40分钟（即2/3小时）应得工资为\(12\times\frac{2}{3}=8\)元，但因迟到被扣30元，实际支付为-22元（这显然不合理，实际中不会出现负数工资，此处仅为说明计算逻辑，即若按此扣款方式，劳动者不仅得不到应得工资，还需倒贴）。即便考虑劳动者原本工资虽低但未低于最低工资的极端假设（即假设其除迟到外其他时间工资能补足到最低标准），一旦因迟到扣款导致其某时段或某日工资低于最低工资标准，则用人单位的行为违法。更常见的合理情况是，劳动者一小时工资12元虽低于假设的15元最低标准（实际需查证当地标准），但扣款30元后，若其当日或当月工资因此低于最低工资标准，则扣款行为违法。
更合理的分析框架：应首先确认劳动者小时工资是否本身已达最低标准。若未达，用人单位本身已违法；若已达，再看扣款后是否仍保持不低于最低标准。以假设的最低工资15元/小时为例，劳动者工作一小时应得15元（若其合同工资12元则本身违法），若迟到二十分钟扣款，扣款后其实际工作40分钟应得工资至少为\(15\times\frac{2}{3}=10\)元，若扣款超过10元（如本题中的30元），则导致实际支付低于应得，且若此情况使得当日或当月工资低于最低工资标准，则违法。
二、从扣款比例是否合理角度分析
即使扣款后工资未低于最低工资标准，扣款比例是否合理也是判断用人单位行为是否违法的重要因素。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
举例： 假设劳动者当日工资为96元（工作8小时，每小时12元），迟到二十分钟扣款30元，扣款比例高达\(\frac{30}{96}\approx31.25\%\)，远超过20%的合理比例限制。此种扣款方式显然不合理，可能被认定为违法。
三、综合建议
总结：上班一小时12元本身可能已接近或低于某些地区的最低工资标准（需具体查证），而迟到二十分钟扣款30元，在多数情况下，无论是从扣款后工资是否低于最低工资标准，还是从扣款比例是否合理的角度来看，都可能构成违法。建议你根据自身情况，按照上述建议进行核实与处理，如有进一步疑问，可直接向我咨询。